滿意度
前作中，玩家的不少決策會影響自己文明的快樂值，不過文明6中的快樂值不再是全文明統一，改名為滿意度(Amenities)，且其影響改為各城市獨立。這個變化也是平衡文化勝利路線的舉措之一。
宗教
文明5資料片眾神與君王中的宗教系統將在文明6中得到延續。
玩家可以選擇或自己命名宗教，本作中可選的宗教符號比前作更多。每種信仰的特性各不相同，玩家可以選擇寄託信仰的建築類型，比如教堂，清真寺或簡單的集會所。每種建築物有不同的獎勵。
宗教仍然通過施加壓力傳播，聖城(每種宗教的發祥地)提供額外的壓力。
國外網站GadgetHelpLine報道，本作中將有宗教勝利路線，宗教可以讓玩家生產審判者，使徒等單位，還可以通過宗教熱誠佔領對手城市。
玩家可以在聖地通過信仰修建教堂，集會所等宗教建築，還可以用信仰值買到“劇院區”或“商業中心”。 玩家現在可以進行宗教戰爭了，可以修建“宗教裁判所”，生產“審判者”和“使徒”，宗教戰爭將另有一番兇險。
外交
隨遊戲階段不同，與其他文明的互動也會不同，從初期的原始生存衝突，到後期的結盟與談判。
文明6中對其他文明宣戰，引入“名正言順”概念，如果玩家有正當的宣戰理由，將受到較少的外交懲罰;如果玩家事先不揭發敵人惡行，將視為“毫無理由的戰爭”，將受到較多的外交懲罰。
本作中沒有“世界議會”，這是少數沒有從前作中繼承的設定之一。
傳言
商人，代表和間諜可以收集傳言，類似前作中的“密報”，可瞭解其他文明的動向和計劃，以及其領袖的隱藏特徵。
玩家可以僅通過“傳言”就瞭解到對手的所有日常，但即使玩家和其他文明關係很好，也還是可以排遣間諜到盟友那裏去，以確保獲得的信息更完整。
代表
派遣一個代表(需要花25金幣)可以稍微促進與其他文明的關係。代表和使者的數量是有限的。
領袖特徵
AI控制的文明，其領袖有固定的符合歷史的個人特徵，以及隨機的隱藏第二特徵，隱藏領袖特徵可以僅僅是“工業愛好者”或“人文愛好者”等這類很基礎的東西。
商路
文明6的商路系統延續自前作資料片《美麗新世界》，最大的變化在於貿易單位將自動建立兩座城市之間的路。商路形態將根據每個城市的城區而不同。
下圖中劍圖標旁的數字表示兩個城市之間的距離，劍圖標只是臨時圖標，現已改成箭頭圖標。
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