第48話 連接的意志、傳不到的意念
勝利條件：1.擊墜大型ELS。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。 2.剎那或總司遭擊墜。
敵方配置：希德勒II*12 迪斯托利亞級*6 梅爾託利亞級*6 凱迪洛爾級*3 ELS*24 大型ELS*1
敵方增援：布勒瑪格*6 瑪達瓦·迪戈*1
SR點數獲得條件：5回合內全滅加米拉斯，再擊墜大型ELS。期間不能讓加米拉斯擊墜任何的ELS。
要點：三方混戰的關卡，原創勢力增援後擊墜瑪達瓦·迪戈，他們就會集體撤退。SR獲得要求“加米拉斯勢力不能擊墜ELS”這點不用擔心，ELS雜兵強度遠超加米拉斯，不過要注意擊墜加米拉斯的戰艦，遇到ELS殘血的情況要主動上去補刀。
第49話 落日之星
勝利條件：1.將德斯拉號II世的HP打到20000以下。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。
敵方配置：希德勒II*10 波爾梅利亞級*6 迪斯托利亞級*8 梅爾託利亞級*4 德斯拉號II世*1
敵方增援：艾爾亞布*12 布勒瑪格*6 瑪達瓦*3 司里尼柏瑟*1
SR點數獲得條件：3回合內全滅其他敵人，最後再將德斯拉號II世的HP打到20000以下。
要點：敵人離我方很近，快速擊殺即可。敵方增援到來後操縱主角機攻擊谷瑞觸發劇情，主角機的最終武裝解鎖。
分支：普通結局(A)/if結局(B)
若滿足擁有25個ACE駕駛員和在47話中使用過波動炮的條件，49話結束後會出現選項，選擇“戰鬥結束了”進入普通結局(A路線)，選擇“之後還會有困難”進入if結局(B路線)。此處選擇了B路線。
第50話B 藍色星球的決戰
勝利條件：1.擊墜Hysterica。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。 2.宗介遭擊墜。
敵方配置：Glaive*12 六連*4 夜天光*1 Behemoth*3 PLAN-1056*2 para-mail*2 Hysterica*1
敵方增援：PLAN-1055*1 Hysterica*1
我方增援：漢莫拉比 拜亞蘭特裝型 新吉翁號
SR點數獲得條件：5回合內通關。
要點：5回合內擊墜2次恩布里奧即可獲得SR，由於進展到本關時該拿的金錢、點數等資源都已經足夠，全滅敵人的意義已經不大，玩家可以嘗試速殺BOSS過關。出擊選擇時讓所有帶有精神“期待”的角色出擊並帶上回復SP的芯片，開局操縱已學會精神“覺醒”的主力直奔恩布里奧，開啟覺醒+加速趕路，用1到2個覺醒趕到恩布里奧面前，然後開始使用覺醒+熱血轟炸，後方要不斷的使用“期待”來補充主力的SP。第一次擊墜只有38000HP的恩布里奧後觸發劇情，他會以10萬以上的HP再度復活，我方增援也前來助陣，繼續覺醒+熱血轟炸，差不多5個左右的覺醒攻勢就可以幹掉他，2回合內結束戰鬥。
第51話B 昏暝甚於黑暗者
勝利條件：1.擊墜暗黑大將軍。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。
敵方配置：凱德拉*9 暗黑大將軍*1
敵方增援：伊普瑟隆*8 帝王號*4 空中要塞*1 機械獸軍團*9 黑暗帝王*1
SR點數獲得條件：2回合內全滅凱德拉，再擊墜暗黑大將軍。
要點：一週目最後的SR，也是毫無難度的一個SR。獲得SR後跳獎盃，至此一週目全SR達成。之後敵方增援兩個勢力的最終BOSS，不用吝嗇精神，直接讓主力向着其中一個BOSS進發，耗盡所有團隊精神以最快速度擊殺他，擊殺後觸發劇情，我方全員SP、氣力回滿，再用相同方法強殺另一個BOSS即可輕鬆過關。
最終話B 過去與未來的夾縫間
勝利條件：1.擊墜德斯拉號II世。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。
敵方配置：天草*4 迪比尼達德*3 擊墜德斯拉號II世*1 蓋爾號*1 波爾梅利亞級*8 迪斯托利亞級*4 梅爾託利亞級*2 德斯拉號II世*1
敵方增援：艾爾亞布*8 布勒瑪格*6 瑪達瓦*2 霸斯可*1
最終BOSS：厄凱狄亞*25
SR點數獲得條件：無。
要點：最終話比之前的關卡都要難，但跟歷代機戰終章相比還是相當輕鬆的。本關共有三波敵人，第一波敵人為海盜高達+大和號反派勢力混編，擊墜德斯拉號II世後第二波敵人原創勢力增援，再擊墜霸斯可後場上所有敵人退場，最終BOSS厄凱狄亞登場，雖然只有33000HP但總共有25架之多，擁有極高的命中、迴避，傷害不俗且自帶每回合兩動，此外BOSS的王牌獎勵為130氣力以上時敵方回合開始後自動附帶“覺醒”，也就是每回合3動，非常的難纏。
想要降低挑戰最終BOSS的難度，需要注意以下幾點：
1.出擊時除主力外，多讓習得精神“期待”、“預見”、“感應”的機體出擊，SP回覆類芯片裝滿。最終BOSS迴避極高，需要憑藉大量的精神修正才能命中，而且攻擊到我方機體一般都會秒殺，“預見”也會經常用到。
2.面對前面兩波敵人時節省精神。除了之前提到的防禦型精神，想要突破BOSS的防禦造成傷害也需要使用攻擊型精神，如果前期就用的差不多了會打的很難受。
3.儘快集中火力擊墜5架敵機。擊墜5架敵機後觸發劇情，機戰V的OP響起，雖然不會讓我方全員傷害提升或是SP回滿，但BOSS的氣力會變為105，減傷技能都無法發動，我方造成傷害變為正常值之後就好打很多了。
4.購買芯片“活力下降系統”。此芯片效果為使用後讓全體敵人氣力下降10點。BOSS出現時為135氣力，降至130氣力以下後便無法發動王牌獎勵了，全體減少一次再動後能夠緩解很多的壓力。
全滅敵人後過關，自此一週目通關。本次通關後可以繼承100%資金、擊墜數、TacP，之後的多周目流程會變得更加簡單。準備白金的朋友們則要開始二週目的流程了。
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