第31話A 灼熱的達卡
勝利條件：1.將尚布羅的HP打到10000以下。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。 2.巴納吉或哈薩威遭擊墜。
敵方配置：茲卡克*2 裘亞克*2 德瓦基*6 卡爾斯K*5 薩克I狙擊型*1 尚布羅*1
敵方增援：Zy-98*4 PLAN-1059*2 PLAN-1056*1 裏歇爾*6 潘娜洛普*1 報喪女妖*1
我方增援：RK-91 ARX-8
SR點數獲得條件：5回合內用額外行動“粉碎猛擊”，一次就擊墜HP狀態為10001以上的尚布羅。可搭配支援攻擊。
要點：“粉碎猛擊”是重要的提升傷害方式，之前關卡中SR獲得條件為一次攻擊擊墜的時候也經常會用到這個指令。攻擊BOSS前記得提前攢好3個ExC，不要隨手花掉就好。
第32話A 戰場上心靈交會
勝利條件：1.擊墜報喪女妖。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。2.巴納吉、託比亞、總司其中之一遭擊墜。
敵方配置：傑鋼*8 裏歇爾*8 拜亞蘭特裝型*1 報喪女妖*1 迦樓羅*1
敵方增援：德爾塔普拉斯*1 艾爾亞布*6 布勒瑪格*3 報喪女妖*1
我方增援：靈格斯
SR點數獲得條件：6回合內過關，過關前，任一我方駕駛員用過額外行動的“多重指令”。
要點：注意，本關敵人增援會在瑪麗坦被擊墜後出現，所以建議儘快擊墜瑪麗坦讓增援刷出來。“多重行動”是快速攻略最重要的手段，每關基本都會用到，隨意全清敵人即可。
第33話 飛翔吧，偉大的勇者!
勝利條件：1.5回合內全滅敵人。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。 2.真嗣、零、明日香、舞人其中之一遭擊墜。 3.進入第6回合。
敵方配置：包茲*6 燒麥號*2 弗洛瑪吉*6 史諾比*1 忍者*8 仁王*4 T=蓋爾5656*6 終極音速號8823*4 斯塔克4126*1 轟龍*1
我方增援：究極勇者
SR點數獲得條件：第1回合擊墜6個以上的敵人。
要點：要求1回合速殺，敵人離我方不遠，佈陣時會決定出擊順序，讓主力機體最後出擊，這樣就可以在距離敵人最近的位置出擊了。另外，使用工廠裏購買的芯片“ExC積儲劑”一次性獲得5點ExC，在第1回合就可以進行多重行動了。
第34話 解放的希望
勝利條件：1.擊墜布勒瑪格(谷瑞)。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。 2.主角遭擊墜。
敵方配置：艾爾亞布*8 布勒瑪格*5
敵方增援：艾爾亞布*8 布勒瑪格*8 瑪達瓦*1
我方增援：梵格尼克斯/古朗梵格
SR點數獲得條件：大和號未受過攻擊的狀態下，4回合擊墜布勒瑪格(谷瑞)。
要點：注意!進入關卡之前的劇情中，奈因會問主角“追求速度”還是“追求力量”，根據玩家的選擇本關主人公的後繼機體也會不同：選擇“追求速度”後繼機為梵格尼克斯(真實系)，選擇“追求力量”後繼機為古朗梵格(超級系)。兩機均為射擊機，玩家可根據自己的愛好自行決定。
本關敵人雖然看起來很少，但第2回合左側增援6名敵兵，第3回合左側上方增援6名敵兵，所以一定要分一些兵力向左邊進發保護大和號。大和號被擊中後才會失敗，所以多帶一些會精神“預見”的機體會比較穩。SR獲得後觸發劇情，主角終於換乘了新的機體，整體實力提升了一大段，輕鬆全滅敵人後過關。
第35話 毀滅之光
勝利條件：1.全滅敵人。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。 2.巴納吉遭擊墜。
敵方配置：茲瓦爾肯*6 迪斯托利亞級*3 蓋爾號*1 佩茲·巴拉塔*3 康古裏久*2 卡薩D*3 茲沙*3 德萊森*3 巴烏*2 扎古III*2 杜班烏爾夫*1
敵方增援：para-mail*5 積屍氣*4 PLAN-1059*4 PLAN-1056*2 PLAN-1055*1
我方增援：剎帝利*1 靈格斯*1 梅塔斯*1 葛蘭雪*1
SR點數獲得條件：6回合內全滅敵人。
要點：本關敵人很多，大部分為強力角色，站位比較分散。尤其是左下方增援中有5架30000HP的para-mail非常難纏，建議投入一些主力來應對。另外遊戲已經進入中後期，我方大部分駕駛員應該已經學會精神“熱血”了，傷害提升了一個檔次，不要吝嗇精神全力攻擊吧。
第36話 星之繼承者
勝利條件：1.擊墜拜亞蘭特裝型和報喪女妖。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。 2.卡繆遭擊墜。
敵方配置：傑剛*10 裏歇爾*6 拜亞蘭特裝型*1 報喪女妖*1
敵方增援：吉拉·祖魯*18 姆薩卡*2 羅森·祖魯*1 新安洲*1
SR點數獲得條件：4回合內的任一同回合，擊墜拜亞蘭特裝型和報喪女妖。
要點：第一波敵人數量不多，全隊向前慢慢推進，控血後再一波帶走即可。不過要注意之後的增援很多，前期不要消耗太多的精神就好。
分支：地面部隊(A)/宇宙部隊(B)/西曆世界(C)
此處選擇加入地面部隊。
第37話A 赫爾博士最後的賭注
勝利條件：1.擊墜機械獸阿修羅男爵。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。 2.甲兒遭擊墜。
敵方配置：塔羅斯像*12 金屬獸*8 飛行要塞格魯*4 機械獸阿修羅男爵*1
敵方增援：金剛大魔神*1 傑瑟J1*1 霸爾葛斯V5*1 古羅葛斯G5*1 巴琴B9*1 高穹U5*1 鬼火V9*1 地獄王戈登*1
SR點數獲得條件：4回合內全滅敵人，最後擊墜機械獸阿修羅男爵。
要點：SR並不難得，但之後敵人的增援都不弱，尤其是地獄王戈登，這是我們在本作中遇到的第一個89000HP的敵人，還是要注意前期資源的使用不要過多。
第38話A 地獄之門
勝利條件：1.擊墜黑帝斯神。 2.進入第6回合。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。 2.甲兒或鐵也遭擊墜。
敵方配置：凱德拉*12 邁錫尼神*6 阿修羅*1 勇者格爾達普拉*1 黑帝斯神*1
敵方增援：亞特拉斯MK-II*6
我方增援：轟龍
SR點數獲得條件：5回合內全滅其他敵人，最後再打倒黑帝斯神。
要點：難度陡增的一關，大量20000HP的敵人再加上89000HP的黑帝斯神，如果沒有提前改造本路線的機體(如蓋塔等)就會打得非常吃力。建議本關只讓5改以上的機體出擊，這樣至少反擊時能造成不少傷害。3回合後右邊6名敵人增援，我方增援轟龍，看到這6個高HP的增援不要慌，轟龍自帶4改，足以單機應付敵方增援了，主力專心在主場攻擊。黑帝斯神的防禦型技能不少，向他發起進攻時不要忘記任何提升傷害的手段。
第39話A 步向終焉的覺醒
勝利條件：1.擊墜第9使徒。
敗北條件：1.任一我方單位遭擊墜。
敵方配置：第9使徒*1
敵方增援：第10使徒*1 艾爾亞布*10 布勒瑪格*8 魔神ZERO*1
我方增援：魔神ZERO 魔神皇帝
SR點數獲得條件：8回合內通關。
要點：一開始我方只有3架EVA，如果之前沒有改造的話對使徒造成的傷害還不如回血來的多，待機等增援就好。第4回合我方增援到場，擊墜一名使徒後敵方魔神ZERO增援，不擊墜他就無法對剩下的使徒造成傷害。我方增援的魔神皇帝雖然也不弱，但魔神ZERO有着高的可怕的底力和護甲，需要全體主力集中攻擊才能擊破。將其擊墜後魔神ZERO正式加入我方，有了這架全遊戲攻擊能力數一數二的機體，接下來就是無雙清場了，8回合內輕鬆過關。
第40話 航向星海
勝利條件：1.擊墜真蓋塔飛龍。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。
敵方配置：金屬獸*8 凱德拉*6 邁錫尼神*3 勇者格爾達普拉*1
敵方增援：德萊森*4 巴塔拉*4 佩茲·巴塔拉*2 扎古III*2 積屍氣*4 梅蘭卡*4 波爾梅利亞級*2
我方增援：真蓋塔飛龍
SR點數獲得條件：3回合內擊墜真蓋塔飛龍，擊墜真龍蓋塔之前擊墜數不得超過10個。
要點：注意!遊戲中本關SR獲得條件翻譯錯誤而且很繞口，其實只要3回合內擊墜真蓋塔飛龍且擊墜數不超過10個就可以，開局後就開着“加速”向真蓋塔飛龍衝，順手清清來攻擊我方的敵兵，但注意不要向邁錫尼神的方向前進，為了獲得SR，那邊的敵人我們註定無法擊墜，獲得SR後剩下的敵人撤退，雙方增援出現，全滅敵人後過關。
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