第7話 交差的宇宙
勝利條件：1.大和號到達目標地點 2.擊墜休爾茲號
敗北條件：1.大和號被擊墜
敵方配置：梅蘭卡*9 迪斯托里亞級*2 波爾梅利亞級*3 休爾茲號*1
我方增援：00Q(量子型00高達) 療天使高達
SR點數獲得條件：5回合內將休爾茲號以外的其他敵人全滅，再擊墜休爾茲號。
要點：如果之前改造過大和號的話，本關可以讓大和號擔當主力輸出。開局後將全部機體放入大和號，之後操縱大和號進入敵陣，吸引對方全體的攻擊並靠反擊回擊他們，這樣在第三回合時敵方雜兵基本已經被全滅了，此時可以讓母艦內的機體傾巢而，集中攻擊休爾茲號即可。
分支：男主角(A)/女主角(B)
根據男女主角選擇的不同，8-11話將會產生分歧，遊戲開始時選擇男主角進入A路線，女主角進入B路線。這裏走的是男主路線。
第8話A 大宇宙的墓場
勝利條件：1.全滅敵人
敗北條件：1.大和號遭擊墜
敵方配置：艾爾亞布*15
我方增援：茲瓦爾肯
SR點數獲得條件：大和號未受損傷的狀況下過關。
要點：本關敵方的機體比之前要強一些，且大和號無法移動和攻擊。開局後將兵力分散移動至母艦四周形成防衞網，敵人並不會對大和號窮追不止，分散站位就可以在它們移動的過程中將其絆住。敵人的攻擊力不低，建議讓會精神“專注”和高迴避的機體擔任前鋒。如果對此不放心，可以把療天使高達和古倫加斯特這兩台帶有援護防禦的機體放在大和號旁邊，並讓大和號掛上“預見”以防萬一，全滅敵人後獲得SR。
第9話A 平靜之海
勝利條件：1.全滅敵人
敗北條件：1.凱因遭擊墜
敵方配置：T蓋爾5656*6
SR點數獲得條件：4回合內全滅敵人，同時任一駕駛員擊墜4個以上的敵人。
要點：開局後只有凱因一台機體，凱因的迴避率很高，開啟精神“加速”衝向人羣利用反擊進行快速消耗。本關敵人很少，擊墜2個敵人後觸發劇情，梵格雷增援，全滅剩下的敵人過關。
第10話A 呼風喚雨的勇者
勝利條件：1.全滅敵人或敵人撤退，T蓋爾5656(沃爾夫剛果)的HP在5500以下時會撤退。
敗北條件：1.任一我方單位遭擊墜。
敵方配置：T蓋爾5656*4 T蓋爾5656(沃爾夫剛果)*1
敵方增援：忍者*4
我方增援：急救列車機器人 特級猛獸機器人 特急勇者
SR點數獲得條件：擊墜T蓋爾5656(沃爾夫剛果)。但T蓋爾5656(沃爾夫剛果)的HP在5500以下時會撤退。
要點：開局後還是隻有凱因一台機體，對本關的敵人傷害夠，好在第二回合梵格雷會前來增援，讓梵格雷進入人羣中騙反擊耗血。擊墜2個敵人後雙方增援到來，凱因合體成為特急勇者，戰鬥力顯著上升。為了賺取資金建議先把除了BOSS之外的敵人擊殺殆盡，之後再去拿SR。BOSS的HP在5500以下會撤退，因此控血是很重要的。BOSS本身還帶有底力，HP越低防禦越高，所以建議先用主力將BOSS的血控到7000左右，然後再用急救列車機器人或特級猛獸機器人的低威力技能進行微調，最後利用援護攻擊+額外指令“直截粉碎”和“粉碎猛擊”將BOSS一舉擊殺，使用指令需要用到很多的EXC，建議前期讓主力去殺雜兵積攢一些不要用掉。本關的SR比之前要難拿，建議多存檔避免悲劇，此外敵人的傷害比較足，要善於利用梵格雷和急救列車機器人的修理裝置。
第11話A 黑衣復仇者
勝利條件：1.全滅敵人。
敗北條件：1.明人遭擊墜。
敵方配置：蚱蜢*12 魔神*4 六連*2
我方增援：撫子號B 艾斯特巴利斯特裝型 超級艾斯特巴利斯
SR點數獲得條件：5回合內全滅敵人。
要點：本關有很多敵人自帶護罩，建議使用額外行動“直截攻擊”突破減傷進行攻擊。另外，上一關結束後工廠開啟，購買“ExC提升器”和“小幫手奈因(使用後為自機掛上“熱血”)這兩個芯片會對之後的關卡起到很多的幫助，本關的強力敵人六連在“熱血”的攻擊下也無法避免被秒殺的命運;而裝備ExC提升器後，擊墜1機就可以獲得2點ExC，配合額外指令可以一回合多次再動。兩個芯片都對主力實力提升巨大，強烈建議立刻購買。
第12話 破壞混沌之人
勝利條件：1.全滅敵人。
敗北條件：1.我方戰艦遭擊墜。
敵方配置：弗洛瑪吉*6 包茲*6
敵方增援：積屍氣*6
我方增援：托勒密號2改 獄天使高達 妖天使高達
SR點數獲得條件：4回合內擊墜8名以上的敵人。
要點：敵人集中在下方和右下方，本關敵人的HP比較高，但在4回合內擊墜8台還是很簡單的，只要分散兵力擊破除兩台BOSS機之外的雜兵就可以了。獲得SR後雙方增援出現，全滅敵人後過關。
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