正章
亞坦尼斯在艾爾上方集結軍隊，準備進行艾爾奪回戰，澤拉圖知曉了預言，前來阻止亞坦尼斯。亞坦尼斯知道澤拉圖冒險前來必有道理，可是此時箭在弦上不得不發，他依然率軍進攻了艾爾。在艾爾登陸戰獲得了全面勝利，星靈彷彿獲得了奪回家園的希望。此時，澤拉圖告知了亞坦尼斯他所知道的真相，用來淨化刀鋒女王的薩爾那加神器是一個鑰石，是打敗埃蒙的關鍵。於是他們決定分頭行動：亞坦尼斯率領黃金艦隊留守並清理艾爾，澤拉圖去找吉姆雷諾索取鑰石。
可是情況有變，澤拉圖正準備出發時，虛空追獵者號被摧毀，席倫蒂斯告知澤拉圖亞坦尼斯在卡拉中失去了聯繫。澤拉圖動身尋找亞坦尼斯，可是發現所有的卡拉星靈全部被一股邪惡力量控制了，連之前聯絡的席倫蒂斯一時間也失去了消息，於是澤拉圖決定孤軍深入探尋真相。澤拉圖找到亞坦尼斯時，亞坦尼斯已經被埃蒙完全控制了。澤拉圖想切斷亞坦尼斯的神經束，亞坦尼斯二話不説立刻向澤拉圖痛下殺手。澤拉圖與之交戰，卻始終沒有機會觸碰到他的神經束。於是澤拉圖下定決心，用身體硬接了亞坦尼斯的致命一擊，利用這個機會切斷了亞坦尼斯的神經束。亞坦尼斯恢復意識，而澤拉圖則隕落犧牲。
亞坦尼斯佩戴了澤拉圖遺留下來的靈能之刃，切斷了一部分人的神經束，與未被控制的所有星靈，啟動了亞頓之矛世界艦，逃離了母星。在亞頓之矛上有大量沉睡者的星靈軍隊，亞坦尼斯切斷了他們所有人的神經束，唯有一人例外，此人正是保存者洛哈娜，洛哈娜認為自己可以抵禦埃蒙的腐蝕，堅持要維持卡拉連接，亞坦尼斯只好觀察一陣再説。亞坦尼斯率軍前往了夏庫拉斯，發現夏庫拉斯上的艾爾傳送門已經打開，大量異蟲湧入星球，夏庫拉斯已經淪陷。族長沃拉尊決定毀滅夏庫拉斯，亞坦尼斯設計以犧牲夏庫拉斯為代價毀滅艾爾的大量異蟲。在十多億異蟲入侵後，亞坦尼斯過載了夏庫拉斯上的薩爾那加神廟，用之所有的能量引爆了夏庫拉斯，十多億異蟲和夏庫拉斯同歸於盡。
亞坦尼斯又來到了克哈尋找吉姆雷諾索取鑰石，發現克哈正在內戰中。經過調查，原來是莫比亞斯基金會的殘黨與帝國軍在戰鬥，還奪走了鑰石。亞坦尼斯幫助帝國軍隊摧毀了莫比亞斯基金會的部隊，並從他們手中奪回了鑰石。鑰石被交給亞頓之矛上的相位技師凱拉克斯研究，他發現這鑰石是很久很久很久之前的太古之物，並非人類所説的近代產生的物體，具體作用尚未可知。期間，洛哈娜被埃蒙控制了身體，洛哈娜雖然平時可以抵抗埃蒙的意志，但是埃蒙還是可以入侵洛哈娜的身體，洛哈娜清醒後還是不肯切斷神經束，於是亞坦尼斯把她關進了牢籠裏。洛哈娜説自己可以和埃蒙互探信息，於是洛哈娜就開始不停窺察埃蒙的祕密。
奪回鑰石後，亞坦尼斯又率軍前往了格拉修斯星球奪取被封鎖的科技。期間，塔達林攻擊了亞坦尼斯的艦隊。亞坦尼斯還是奪取了被封鎖的科技，同時還奪取了一個被製作成淨化者的故人--菲尼克斯。這個菲尼克斯並不是以前的菲尼克斯，而是以前的菲尼克斯在第一次陣亡時的意識克隆體。複製體菲尼克斯還以為自己被做成了龍騎士，也不清楚這段時間究竟發生了什麼，花了很長時間才適應過來。
離開格拉修斯後，凱拉克斯發現鑰石指向了一個座標，是一個宇宙裂隙。凱拉克斯認為不可能有任何生物通過那裏，以為自己搞錯了，但是亞坦尼斯説薩爾那加本身就是從沒有生命的地方誕生的，於是開着亞頓之矛就過去了。進去以後，亞坦尼斯發現了薩爾那加創造第一個生命的星球--烏爾納。在烏爾納中，亞坦尼斯想知道真相，卻發現埃蒙的軍隊已經佔領了這裏，於是殺了進去打開了內部聖殿的入口大門。在聖殿內部，亞坦尼斯看到了薩爾那加預言圖，上面刻着澤拉圖會按照指引找到預言以及薩爾那加捧着凱瑞甘的圖印。此時，凱瑞甘和一個巨大的混元體扭打着衝了進來，混元體被凱瑞甘殺死了。當凱亞兩人一照面還沒來得及對話，又一隻混元體衝了進來，趁虛把凱瑞甘打傷，亞坦尼斯協助凱瑞甘殺死了這個混元體，兩人決定聯手，一同進入了神殿。在神殿內部，兩人發現了大量薩爾那加的屍體，埃蒙把他們都殺了。埃蒙顯擺自己，説自己奪取了主宰的精華，已經擁有了一個完美的肉體，很快就可以毀滅世界了。亞坦尼斯誓死抵抗，大量埃蒙軍隊入侵，兩人聯軍共同抵抗。此時亞頓之矛上來了個不速之客--塔達林二把手阿拉納克，他説服了沃拉尊聯手救出了亞坦尼斯。凱瑞甘和亞坦尼斯一同衝出了烏爾納，凱瑞甘的蟲羣元氣大傷，需要一定時間休養。而阿拉納克説服亞坦尼斯幫助他奪取塔達林老大的地位，回報是兩個部族不再為敵甚至聯手，亞坦尼斯答應了。
之後，亞坦尼斯分別解封了被埃蒙蟲族包圍的古代的淨化者軍隊，消滅了莫比亞斯基金會的混元體工廠，協助阿拉納克進行拉克希爾儀式奪取塔達林首領的地位。然後凱拉克斯找到了鑰石的作用，鑰石可以暫時把埃蒙對卡拉的影響短暫關閉，在此期間可以有足夠時間讓黃金艦隊全體人員切斷神經束。而洛哈娜發現了埃蒙的祕密，埃蒙的肉體即將完成，他要用黃金艦隊來阻止亞坦尼斯，所以唯一的辦法就是消除艾爾上的靈能矩陣，這樣黃金艦隊就無法折躍了。在獲取了信息後，洛哈娜也切斷了神經束，從牢裏解放了出來。亞坦尼斯率領軍隊抵達艾爾，摧毀了靈能矩陣，並且率領軍隊找到了埃蒙孵化中的肉體並試圖阻止它的完成。但是埃蒙的肉體還是完成了，亞坦尼斯動用亞頓之矛以及淨化者艦隊所有的碎星炮，把埃蒙的肉體轟成了渣渣。就這樣，埃蒙剛復活就死了。埃蒙肉體死後，精神還在卡拉中殘留。亞坦尼斯啟動了鑰石，把埃蒙的意識從卡拉中剝奪了出來。所有卡拉中的星靈恢復意識，都紛紛切斷神經束，而鑰石也因為承受不了埃蒙的虛空能量而自我毀滅了。最後，星靈終於奪回了自己的家園艾爾。在艾爾上，亞坦尼斯把澤拉圖的靈能護壁放到了虛空追尋者的墓碑上，望向艾爾的大地，星靈的家園在逐漸重建，恢復昔日的榮光。
終章
亞坦尼斯和雷諾收到了凱瑞甘的邀請信，一同聚集在了烏爾納的上方。凱瑞甘説她發現埃蒙沒有徹底死亡，他還在虛空中苟活，烏爾納中有一個地方可以開啟虛空的傳送門，埃蒙就在裏面，她要進去殺了埃蒙以絕後患。眾人紛紛表示同意，於是三族就此形成聯軍：帝國艦隊+黃金艦隊+蟲羣大軍共同進入了虛空之中，面對最終的決戰。
在進入虛空後，眾人發現塔薩達的聲音在呼喚眾人，而納魯德也在裏面，他也是一個薩爾那加，他囚禁了塔薩達。眾人在一番作戰後，擊敗了納魯德的軍隊，斯圖科夫嘲諷着納魯德--杜蘭，然後一擊把它打成了碎片。而亞坦尼斯把塔薩達救了出來，正要跪地膜拜偶像。塔薩達突然變身成了一個觸手多眼怪，原來一直引領澤拉圖的塔薩達並不是真的塔薩達，塔薩達在消滅主宰時已經死了。這個塔薩達其實是一個倖存的薩爾那加--奧魯斯。奧魯斯與埃蒙為敵，它堅持薩爾那加的輪迴之道，並道出了一切的真相。
薩爾那加是創造生命的種族，當初薩爾那加創造了星靈和異蟲，任其自己發展，而埃蒙偷偷跑到艾爾上，加速改造了星靈，卻受到星靈攻擊而逃跑。之後埃蒙又跑到澤烙斯上創造了主宰，他的行徑很快被其他薩爾那加發現了。於是埃蒙和其他薩爾那加發生了劇鬥，埃蒙率領主宰蟲族進攻薩爾那加，最後埃蒙和薩爾那加們同歸於盡了。埃蒙在虛空中囚禁了奧魯斯，並派納魯德-杜蘭到宇宙中製造混元體作為自己的軍隊和新肉體。奧魯斯説打敗埃蒙的辦法，只有獲得薩爾那加的力量才行。輪迴本身需要一個精神和肉體都達到巔峯的生物，只有這樣的生物才可以接受舊薩爾那加的力量，而凱瑞甘就是這樣一個在肉體和精神方面都達到巔峯的生物(星靈的存在到底有什麼亂用??)。凱瑞甘被選擇成為新的薩爾那加，而雷諾不同意，雷諾想與凱瑞甘遠走高飛(角質層與觸手PLAY啊!)。凱瑞甘説自己要贖罪，於是同意了成為新的薩爾那加。凱瑞甘把蟲羣的女王之位傳給了扎加拉，扎加拉欣然接受。隨後凱瑞甘汲取了奧魯斯所有的精華，從女魔頭變成了聖光女神。在臨行前，凱瑞甘進入了雷諾的意識裏，給了雷諾一個吻，並説了再見。凱瑞甘飛向了埃蒙最後的所在地，雷諾一行人也追了過去。
凱瑞甘成神後，輕而易舉擊潰了埃蒙的軍隊。埃蒙只好動用虛空水晶形成靈能壁壘保護住自己，進行最後的殊死抵抗。人蟲神三族聯軍，一同摧毀了所有的虛空水晶，壁壘被摧毀了。凱瑞甘與埃蒙做最後的對決，凱瑞甘使用全部的神力，把埃蒙轟殺至渣。在最後的爆炸前，凱瑞甘對雷諾告別並讓他離開，於是雷諾和其他人都離開了虛空之地。
兩年後，雷諾在馬薩拉的小酒館裏獨自喝酒，電視中瓦來裏安在帝國首都舉行新帝國成立三週年慶祝儀式，而霍納成為了帝國軍隊的領袖。雷諾回憶過往，想到了一開始當警長的日子，想到了自己對不起的泰凱斯，又想起了已經不在了的凱瑞甘，惆悵萬千，飲酒獨醉。突然，背後的門打開了，還散發出了一陣金光。雷諾回頭一看，一位紅髮幽靈女特工站在門口，問到：”準備好離開這兒了嗎?牛仔?“雷諾歡心一笑，放下了手中的警長臂章，説道：”來吧，好戲開場了!“酒館中只剩下兩人一同離去的背影。
最後，人類帝國與星靈建立起了和平的盟約，人類擴張了自己的領土，星靈也在艾爾上發展自己的世界。而異蟲在扎加拉的領導下，也佔領了查爾星周邊的眾多星球。但是再也沒有人看見吉姆雷諾，人們都不知道他去哪了。同時，人們也發現在宇宙中眾多荒蕪的星球上，產生了生機，這些奇蹟是如何發生的，至今也無法解釋。(凱瑞甘成為了薩爾那加後，獲得了和納魯德和奧魯斯一樣的變身能力，於是凱瑞甘在戰後發現自己沒死，於是變回了人形去馬薩拉找吉姆，而薩爾那加之力可以創造新生命，於是結局就是凱瑞甘和雷諾一起在宇宙中旅行，一邊旅行，一邊創造新生命，大團圓結局!)
虛空之遺全劇情完
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