隱形守護者結局分兩種，一種是潛伏失敗死亡的結局、一種是按照劇情選擇一路潛伏出現的結局。第一種死亡結局到處都是，一旦沒選對利於潛伏的的選項，很快會死掉。劇情走向結局共有4個大結局，分別是：扶桑安魂曲、喪鐘為誰而鳴、美麗世界、紅色芳華。
隱形守護者全結局
扶桑安魂曲
在第五章的最後，玩家接受了武藤領事的建議，刺殺了淺野。之後以日本軍人龜田太郎的身份返回了日本，卻碰巧被純子認出，為了不讓別人發現自己的身份，自己只好殺死純子，隱居起來，最終死在了日後美軍的轟炸中。
其實我在第六章還沒有出的時候是比較期待這條線的，但是看樣子這並不是製作組的重心(因為只是做了一章就結束了)，但是，這個結局又何嘗不是一個happy ending呢?主人公自從開始稱為間諜的那一刻，射殺老師，射殺自己的小學妹，被自己的上線出賣，失去了證明自己是胡蜂的證據，可謂是身心俱疲。能夠在自己的生命的最後階段過上一年的平淡生活，最終以日本人的身份被美軍炸死，我想，這既是對於主人公拋棄了祖國的懲罰，也是對於主人公經受了這麼多磨難的解脱。能夠逃離這個修羅場，不也是挺好的麼?
叢林法則
在第五章的最後，如果主人公沒有接受武藤的請求，那麼武藤則會採取第二種行動——在主人公和淺野前往南京的途中刺殺淺野。在列車上，主人公成功向組織的人傳遞出撤退信號，自己趁亂下車後被一個叫高源的自稱是“農夫”的“第二號”的下線接回了上海，自己也從此稱為了他的下線。
但是，主人公卻沒想到自己的這個新上線的真正身份是軍統特工“銀狐”，他利用主人公對自己的信任，欺騙他殺死了“第二號”並讓自己的搭檔目睹了這一切。犯下大錯的主人公只能聽從“銀狐“的安排，投靠了重慶的國民政府。
故事在這裏又出現了兩條線——美麗世界線和喪鐘為誰而鳴線。
美麗世界
回到重慶的主人公在忍辱負重和貪污腐敗下在短短七個月的時間裏就身居高位，並在一場民眾抗議中發現自己的青梅竹馬方敏也在其中，但這次他沒有再心慈手軟，而是將方敏誣陷為女漢奸，眼睜睜地看着她被槍斃。就當最後一個知道主人公真實身份的人也死了以後，就當他以為自己的新生活就要正式開始的時候。“發掘”自己的老上司“銀狐”卻在自己不注意的時候毒死了自己。而“銀狐”本人也死在了冷槍之下……
正如這條線的最後主人公所説的一樣——你永遠不知道下一秒會發生什麼。自以為跳出了上海那個諜戰的修羅場，即將迎來新的生活，實際上他只是跳到了重慶國民政府官僚傾軋的另一個修羅場中。
黃執中説：“一個人有多值錢，就要看他的原則有多值錢。”主人公拋棄了自己的原則，拋棄了自己原來所堅信的一切，那麼這個世界也必然會讓他看到自己這麼做的後果，以及他所認為的美麗新世界的可笑和虛幻。
喪鐘為誰而鳴
(之前的劇情和美麗世界是一樣的)在方敏被抓以後，主人公決心帶方敏逃跑，他聯繫了黑幫去接應他，卻不料就在快要逃跑成功的時候被自己的上司“銀狐”追上，隨後，主人公為了讓方敏離開，自己一個人面對前來抓捕的國民黨官兵，光榮戰死……
在這條線中，主人公並沒有一而再再而三地沉淪下去，而是在方敏出現以後因為個人感情決定重新面對過去的自己，面對過去的信念。在最後獨自面對追兵的時候，主人公曾説：“我來拿回我的名字了，我叫肖途!”我想，這不僅僅是因為之前他為了上位而認了一位姓鄭的軍統副局長為義父，更多的是他在這一刻找回了當時那個學生時代敢於反抗，敢於鬥爭的自己，也找回了潛伏時期那個不論受到多少創傷都堅持完成任務，忠於組織的那個自己。總之，他找回了那個叫“肖途”的自己。
接下來，便是遊戲的“正線”，也是目前為止唯一一條沒有完結的線——紅色芳華線了。
紅色芳華
在之前的那列火車上，主人公並沒有趁亂下車，而是為了自己的軍統“朋友”莊曉曼留了下來，兩個人成功刺殺淺野以後跳車逃走，在就要被日本人追上的時候被趕來的“第二號”相救。後來主人公回到了上海，接受一個名為高源的上線領導。重新受到了武藤領事的信任，卻被武藤以保護和尋找後路的理由調離了武藤公館。不料在這時自己卻被一個叫馮一賢的漢奸盯上了，為了在最後的關頭髮動“玉碎戰“，馮一賢企圖堵死武藤領事的後路，他先殺了領事的女兒武藤純子，由用計讓漢奸接管了上海黑幫，還要害死領事欣賞的年輕人，也就是主人公。
正當主人公死裏逃生去聯繫高源的時候，高源卻在這個關鍵時刻反水，亮出了自己軍統的真實身份，主人公在阻止高源返回重慶的時候，被高源的子彈貫穿了頭顱……
其實我覺得，這個故事到這裏結束也挺好的……雖然我個人認為主人公當時還留在車上有點兒女情長，不過總算是沒有忘記本心，無奈自己的第一任上司為了自己的兒子投靠了日本人，自己的第二任上司其實是軍統的特工……
紅色芳華線沿用了前面幾章的風格，主人公繼續在上海的各大勢力中獲取情報，不停地出賣，反間，背叛，讓我在玩的時候越來越不清楚誰到底誰説的是真話，到底自己的敵人是誰。表面上大家都是為了利益聚在一起，可實際上大家都在為了自己的信仰和組織而勾心鬥角。因為這條線還沒有完結，所以也不太好評價。不過我覺得，如果能讓主角在這裏就結束了生命的話，也未嘗不是件好事，最起碼自己保住了莊曉曼，最起碼自己沒有親手殺死“第二號“最起碼自己死的時候還是組織的一份子……
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