2000年9月4日 8:18分PM 洛杉機M.I.S.T Centre
遊戲一開始，玩家可選擇繼續練習射擊，玩後到武器彈藥室，談話後到停車場談話選2，即可出發到達出事現場Akroplis Town。
2000年9月4日 8:56分PM Akroplis Town
這裏的機關簡單，我也不必再寫了，總之到達最頂部時會與BOSS戰鬥，戰鬥期間可利用電線電擊敵人。
2000年9月5日 1:44分AM 洛杉機M.I.S.T Centre
Akroplis Town已被炸燬，而Aya與Rupert亦返回了總部，上師Eric Baldwin對他們今次的任務為讚賞。而他從報紙上得知沙漠現有死去的噶怪物屍體，於是便派Aya前往沙漠Dryfield作出調查。當Aya到停車場時會遇上Pierce，把當日取得的ィソプラソト·バ-ツ作研究，發現原來那是個發訊機。 2000年9月5日下午 Dryfield
到達Dryfield，發現這裏空無一人，只有怪物出沒。在Factory角落的開關，按Turn便可打開車間的門，調回原為時記得按Up之後才按Turn。
進入車間後看到一名男子Douglas，談話後取得Room 6的鎖匙，而Room 6在 2樓。到達Room 6，在露台看見給水塔，從露台的樓梯下去，解決敵人後水塔會放下梯子，到達水塔上部遇見一名男子Kyie·Madigan，自稱是私家偵探，來這裏的目的是調查怪物事件。再往水塔頂部，取得可打開「Gen & Roy」大門的鎖匙，在那裏的洗手間可取得地圖。在那裏的雪櫃裏可取得磁石鎖匙扣(王冠マグネツト)。然後到給水塔於Factory連接的通道，按下對講機，Douglas説鎖匙在門口左邊的地下，這時使用磁石鎖匙扣(王冠マグネツト)即可。
從車間的側門走到廢鐵場(Junk yand)，跟着那隻狗就會遇到Douglae，在那邊可買到不同的道具，還可以取得避難所的情報。這時聽到一聲慘叫，Douglae説是來自雜貨鋪那邊，但那邊是鎖住的，唯有從古井那邊過去。Aya跟着Douglae的狗去拿繩子，用來落下在Driveway的井底。在井底會於到一隻透明的怪物，十分難打(小心)。 通過地道到達雜貨鋪的後門，可先解除門鎖到外邊SAVE。從雜貨鋪的側門走到Back Street，走到那間有怪物的廢屋，但是那裏的門被鎖住了，Aya 唯有到房間Warehouse看看，在房間裏發現櫃是可打開的，但是無(士巴拿)。找Douglae幫手，他説在Garage的右上方的架上有(士巴拿)，取得後返回房間，使用(士巴拿)打開到達隔離的房間，在那裏會遇到上一關的BOSS，再次與他決戰。BOSS倒下時發出刺耳的叫聲，Aya受到刺激而暈倒。 醒來時遇到Kyle，並與他一起上路，正當大算乘車離開時，車子已被怪物破壞了。去找Douglae，向他説「車を貸して」，便會得到Lobby的鎖匙(ロビ-の鍵)。到Lobby的收銀機輸入密碼(3033)，就可以取得萬用鎖匙。這個密碼可從1、2號房及Lobby中的圖畫推斷出來。進入2樓的Loft，可以取得空的汽油罐，在夾萬中輸入(4487)，便可取得令水魔法提升一級的道具。到Gas Station注入汽油，再交給在Garage的Douglae，他説車子要修理，叫Aya到Room 6休息。休息後便會與BOSS戰鬥，所以建議先 SAVE。戰勝後在Main Street中找到Douglae，便可得到他的車匙，再到 Garage，會看見Kyle，他説出一些關於線粒體的事，之後二人向着避難所出發。 2000年9月6日 12:06分 Mine
Aya及Kyle二人到達避難所後，不幸受到怪物的圍攻，Kyle更受傷了，Aya 只好一人應戰，打倒大概十來只的怪物後便可向礦洞進發，如果不敵的話也可先進入去暫避。入到礦洞後卻開不到Kyle，一直向前走，在Gorge中發現路軌斷了，再走到Forward Tunnel開動礦車，走到盡頭拿走木板，鋪在上面便可通過。走到Refuge，在盡頭發現打開門的機器，先拿走最下面的 Jumper(ヅャソバ-)，然後裝到第二個電路上，再開左下方的電源，便可成功打開兩道門。再到Cavern，會看到中BOSS。戰後，原本門是開了，但不知為何電源被切斷了，於是返回Refuge再次接線。今次只要將Jumper放在第一和第四個位置，在門旁邊的電車上選「スィツチを押す」便可打開門。
通過Secret Passage到達避難所的Elevator Hall，途中會有武器彈藥庫，可以補給彈藥。然後一直走到Sterlizayion room，Aya會再次想起以前的事......利用轉角的電梯到達B2 Shelter。Aya的目的地是B2F的處置室，但那裏的門卻鎖住了，需要card key才能開啟。返回B1 Shelter的消毒除去室，突然會有消毒氣體噴出，而兩邊的門也鎖上了，這時先調查南面的門旁邊的對話機，要求對方關掉裝置，但對方卻沒有理會，Aya唯有到剛才進入的門旁邊的垃圾桶，那桶是用來廢棄消毒服的，雖然跳下去會有一定的危險性，但這時也不容細想了。跌下後向前走會與BOSS戰鬥。戰後向前走，如果剛才按到制的話，調查大門兩次便可進入Incinaerator Control Room。在裏面看到Kyle了，二人便一起行動。到達水庫時輸入密碼18便可開啟，進入Reservoir時向左面的門走，走到一部電梯前，利用這部電梯可返回B1F。這時Kyle説不如分開行動，並將一張card key交給Aya，這樣便可以解除B2處置室的鎖了。通過處置室到研究室，看到兩個實驗箱，上面的名字竟然寫着Aya和Eve......在房間的手提電腦中輸入「A3EILM2S2Y」，然後電腦會隨機問玩者三條問題，必須全部答對(看下面)。隨後，Aya問了電腦一些關於今次事件及ANMC的情報，然後電話響起，原來是Kyle打來，他將着裏的地圖傳送給Aya。在走廊A中會遇到一隻怪物，打倒後取得card key，可以開啟Elevator Hall另一邊的門鎖。
「手提電腦答案」 (B：FBI)、(C：母系遺傳)、(A：ATP)、(B：甲殼類)、(C：ドラィフイル-ド)、(B：ミトコソドリァ·ィブ)、(B：モハ-ヴェ沙漠)、(A：メリツサ·ビァス)、(B：ミトコソドリァ)、(B：バクタ-)、(C：キョミ·ナカヅマ)
到B1F的Pop Service Cantry，可在右上方的電腦中解除這裏的門鎖，選擇右上方的Camera A、C、E，在三處分別按左下方的「Operate」便可以，這樣便可以通往地下停車場，在停車場得到鎖匙，便進入避難所的更下層了。 [最終回]
在AKROPOLIS TOWER的任務中，於ROOF GARDEN中會有名SWAT的隊員倒在地上，這時如果在他身上調查兩次的話，便可以得到一張「ブラツクヵ- ド」。利用這張卡可進入SHELTER B1的武器庫。
在SHELTER B4的下水道上部盡頭，有一個密碼鎖，只要輸入「15」，在水道的門鎖便會打開，這條路是通往DRY FIELD的，大家可以取回以前放在車尾箱中的道具，而且在那裏有不少怪物。
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