第六話 守護者的試煉
☆本話開始到琥耀之門解放，在書庫會獲得肉體改造輪(與書架前雪拉對話);開始到紅耀之門解放前，在書庫內獲得書籍《人偶騎士》☆
本話開始時，如果之前通過繼承存檔獲得過塞姆里亞石的話，現在跟塞雷斯托對話就可以製作最終武器了，繼承存檔的同學只能等到終章到深淵探險之後才能獲得4個塞姆里亞石了。對於PSP玩家來説從現在開始，大樹下開始出售魔獸系列食材，每個價格400mira。
一般來説，這時候即使是見怪就躲的玩家的戰鬥次數也應該到了100次了，星之門②能夠進入了。
【星之門②】關於“鹽之樁”的調查報告。獎勵3500mira和石化之理。
本話主迷宮是艾爾貝周遊道，傑尼斯王立學院、湖畔研究所、雷斯頓要塞、古羅力亞斯等熟悉的場景也將出現，同時還要與很多FC、SC中或敵或友的角色們戰鬥，可以説3rd一半的精彩戰鬥都集中在本話。
第一部分-無色學院
把科洛絲帶上，經過第五話BOSS戰那裏的傳送陣進入艾爾貝周遊道。直接去西北方的蒼耀之門，隊伍中必須有科洛絲才能進入，進去之後就到了傑尼斯王立學院。
校園內沒有了顏色，現在的任務就是打倒全部黑色騎士以恢復校園的顏色，注意不能攻擊彩色騎士，一旦攻擊的話黑色騎士會復活。王立學院校園、主樓、男女宿舍、禮堂、社團大樓都要變回彩色，繼續前行的路才會打開。
注意校園的黑色騎士有的隱藏的很深，必須仔細尋找才能找到。都變回之後從後門出去，路上會遇到渡鴉幫三人組(如果帶阿加特的話對話稍有不同)，戰鬥難度不大，為了下一場戰鬥請注意積攢CP，並注意敵方HP較少時發動的帶有即死效果的“蝕殺一擊”。
星之門⑨能進入了
【星之門⑨】進入條件比較詭異，要求交出50000mira，這個很值的，因為這個門結束之後的獎勵是100000mira。主題是柏斯市長與女僕莉拉的一段小故事。獎勵100000mira和攻擊料理流血肉丸子。
繼續向舊校舍前進，前方等着我們的是一個強大的BOSS——曾經以一人之力阻擋四位執行者的利貝爾王室親衞隊前任大隊長菲利普，此人一開場會使用強大而又華麗的S技翠耀之心，注意回覆，並使用全屏S技和全屏魔法儘快清除周圍的四個小怪，之後全力攻擊即可，此戰如果菲利普從一開始就不斷使用S技，那麼恭喜你使用的是第一代中文版3rd，請到空之軌跡吧下載補丁修好這個BUG。
戰鬥後搜刮一下舊校舍，並發現月之門⑤。
【月之門⑤】進入條件是手中有迴路“幸運”(在訓練場宿舍二樓寶箱內得到，當然如果你有賣迴路的習慣的話我無話可説)劇情很長很有愛。人物可控後去海邊，調查沙灘上所有帶感歎號的地方(仔細找全)左邊還有一個寶箱也調查一下。然後往西走到瑪諾利亞村，去村子西南的風車小屋。接下來從村子西北出村，一直往北走。劇情以後繼續往北走。再次可以控制以後，在周圍拾取柴火(基本都在樹下)。之後又是劇情。
獎勵12000mira，飾品幸運之石。
第二部分-鏡中祕所
回到據點，把亞妮拉絲帶上，經過琥耀之門進入下一個地點——湖畔研究所。
這次的地圖與SC的研究所正好是鏡像分佈的。進入建築之後馬上進入強制戰鬥，敵人反射魔法攻擊。這次的建築同樣有三個卡片，用特定的卡片會打開特定的門。
繼續前進到1F深處進行第一場BOSS戰，注意防止氣絕即可。
2F終點的對手是卡露娜，同樣要防止氣絕。
3F對手是克魯茨，注意回覆即可。三戰後獲得三個卡片，這時出發把所有的驗證門都打開吧。下面的對手很強大，建議所有參戰隊員等級都升到120級。這名BOSS是霧香，如果有肉搏系隊員儘量衝上去跟她貼身近戰，同時注意回覆。霧香的S技傷害相當驚人，被攻擊後必須立刻回覆。
【星之門10】鏡中祕所二層就有這個門，主角是玲，進入後有劇情戰，敵人會毒、石化、黑暗。
勝利後會看到帕蒂爾·瑪蒂爾的調查報告，獎勵10000mira，此後帶着玲回到據點之後就會發生劇情，玲學會新的S技帕蒂爾瑪蒂爾。
【星之門11】在鏡中祕所一層，進入後有戰鬥敵人會反射魔法，死亡時自爆，最好的辦法是用全屏S技直接解決。之後會看到關於怪盜B的調查報告。
獎勵10000mira和飾品怪盜斗篷。
鏡中祕所的寶箱裏能夠拿到一個“裏·武術大會參加許可證”，這個是進入太陽之門③困難難度的憑證。
【太陽之門③ 裏·武術大會】(困難難度)還是三連戰，現在可以不帶金就能進入了，所以組建自己的最強的隊伍來挑戰吧。
勝利後獲得10000mira和靈之理(迴路，裝備者受到的魔法攻擊傷害減少，物理攻擊傷害增加)。
☆從琥耀之門解放到第七話進入禮拜堂，任意時間在大樹下的書架會獲得三本難懂的書(實錄·百日戰役、盧安經濟史、結晶光學論文集)☆
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