最終話 歷盡艱險 終抵彼岸
☆最終話開始之後，在大樹下書架會找到利貝爾通訊02年後期~03年前期(SC部分)，注意這裏會得到一期SC遊戲中不會獲得的通訊，介紹了方舟事件的解決過程。☆如果此前收集了全部書籍的話，此時會獲得飾品“翡翠頭環”(防止全部狀態異常並大幅提升能力值)
對於PSP玩家，最終話開始後，在庭院的泉水處可以得到迴路。戰鬥次數300次以上、逃跑0次將獲得“神鏡”迴路(地6火8空4，50%概率性反射物理攻擊、最大HP-20%);戰鬥次數300次以上、逃跑300次將獲得“魔鏡”迴路(水8風6幻4，50%概率反射魔法、最大EP-30%)。
最終話終於到來了，凱文不再是隊伍中的常駐角色，此時可以編組任意四名角色到隊伍中來。與塞雷斯托對話，就會開啟新的地圖——深淵。深淵內的敵方經驗值很高，由於最後的決戰中所有角色都要上場，建議通過深淵的地圖將所有隊員的等級都提升到130(有資料表明不到130也可，但要求最後的四個隊伍中每個隊都有一名主力角色等級不少於130級，否則初期的戰鬥會比較艱難)。
深淵的結構很簡單，一條線走到底即可，注意第四個BOSS大天使羊的出現條件：打死前三個BOSS之後，並且沒有經過深淵入口的石碑進行傳送的話，大天使羊就會出現在深淵的終點。由於不能使用入口處的石碑傳送，所以第一批隊員只能一直前進到終點前的星之門15才能回到據點。好在前三個BOSS難度不大，大多數人員配比都能輕易通過。
第一個BOSS會用魔法“蒼白地獄”攻擊，帶氣絕效果，弱點是幻屬性。第二個BOSS可能會用即死攻擊，建議開場爆S清理。第三個BOSS會冰凍攻擊，建議開場爆S清理小怪。繼續前進就會看到最後一個門——星門15，建議調查完畢之後回到據點，把玲和科洛絲帶上，直接傳送回星門15.
【星之門15】隊伍中有玲就能進入，這段劇情不同的版本有不同的內容，具體的問題這裏就不細説了，建議想多了的同學去玩玩零之軌跡，那裏面對這個問題有明確解答。
繼續前進，遭遇深淵第四個BOSS大天使羊，直接用科洛絲的第二個S技——聖星光旋——就能直接秒殺。建議開場用數字鍵直接搶S。由於天使羊迴避率、防禦力都很高，魔法攻擊無效，所以科洛絲的聖星光旋這個物理攻擊、魔法計算的S技有效而且可以造成很高的傷害(只要沒裝減少ATS的裝備迴路都可以秒殺)，其他人物在堆高STR的前提下使用滿CP的S技也能造成不小的傷害，但是凱文的魔槍洛亞和聖槍烏爾、理查德的殘光破碎劍都有魔法屬性，所以對天使羊無效。深淵的4個BOSS每擊敗一個都會獲得塞姆里亞石，拿着這個跟塞雷斯托對話就能製作最終武器，繼承過存檔的在第六話開始時就已經制作了，沒繼承3rd存檔的只能現在製作了。
出發前把剩下的門都打開吧。
【太陽之門③ 裏·武術大會】(噩夢難度)拿着深淵裏面開寶箱得到的裏·武術大會參加許可證就能進入了，這次是四連戰，四場戰鬥的對手都很強大，組建最強的隊伍來挑戰吧。勝利後獲得20000mira和魂之理(迴路，戰鬥中自動減EP補充CP，是唯一一個可以自動回覆CP的迴路);PSP玩家如果帶着亞妮拉絲來挑戰的話，勝利後武器利劍“迅羽”會得到強化，強化後的屬性值比用塞姆里亞石製作的武器還要強。
【太陽之門⑤】要求有全部種類的耀珠才能進入。是一個問答小遊戲，都是關於軌跡系列的各種問題，就看你是否細心了。(附圖：P125~126)PSP玩家注意，PSP版追加了一個Maniac難度，獎品為刻耀珠(驅動3，驅動時間減少95%，STR/DEF降低20%，ATS降低15%)
【星之門13】需要戰鬥勝利400次才能進入，基本上不在深淵刷怪很難達到400戰，實在懶得打的可以用改之理改一下= =門內會看到關於帝國遊擊士協會被襲擊事件的調查報告，這個的時間大致是FC前後的一段時間，可以瞭解卡西烏斯離開家之後的部分行動。獎勵10000mira和防具狩獵重鎧。
【星之門14】完成其他所有的門之後就可以進入，可以看到關於結社的幻焰計劃的一些端倪。獎勵30000mira和飾品熾煌之冠。
都準備好之後，給全部16名隊員準備好裝備和迴路，與塞雷斯托對話選擇“前往影之國”就會繼續前進了。劇情後開始分組，凱文和莉絲與另外兩名隊員走大門，其餘12名隊員四人一組走左、右、正三個門，四個門最後將同時發生BOSS戰，大門難度較大，另外三個門難度差別不大，建議每個隊有一個會用全屏S技的和一個負責回覆的人員。特別的，如果提妲要用“導力裝甲”參戰的話，請不要走正門，前方BOSS會用即死效果的攻擊，導力裝甲無法防禦;玲在遇到高達系敵人會很興奮;阿加特與神龍有特殊對話等等。
分配完畢之後就要繼續前進了。玩家可以自行選擇左、右、正三個門的攻略順序，三個門都到終點之後才能走大門。注意，四個隊伍的裝備和迴路是共享的， 陰陽、陽炎等走迷宮必備的迴路以及一些回覆CP的飾品等等可以通過拆卸重複使用;但是四個門的最後一戰是同時進行的，都不能調整裝備迴路，所以還是要為每名隊員的最後一戰準備足夠的迴路(防具等等可以在幻影城撿到)。
先介紹左門。
每個門都有大量最終裝備，不要忘了拿。中間會遇到中BOSS，注意防禦即死、混亂等狀態;如果陷入困境的話，此戰允許逃跑，退出來重新調整再繼續也可以。繼續前進到回覆裝置，把給別的隊伍的迴路卸下，調整好本隊的裝備迴路，存檔之後繼續前進，鏡頭會切回幻影城入口，繼續選擇隊伍。下面介紹右門。
這邊的中BOSS不會使用異常狀態攻擊，只需要注意回覆就能通過。繼續前進到回覆點，調整好之後繼續前進。鏡頭切回到入口，這次我們選擇正門。
正門的中BOSS會混亂和氣絕，防禦好之後很輕鬆，繼續前進到回覆點，調整好之後繼續前進。
最後是大門的隊伍。
大門的敵人實力最強。中BOSS跟左門的一樣，會即死攻擊，注意防禦。走到回覆點並做好最後的調整之後前進到大門處，劇情選擇“打開門”就會開始最後的BOSS戰，注意此後的連戰將不能中途調整裝備，所以最好先存一下檔再繼續劇情。BOSS戰是四連戰，將由四個門的隊伍分別擊敗四個BOSS之後才能通關。
左門BOSS金色巨人，會用黑暗和氣絕攻擊，建議開場爆S清場，之後集中火力消滅金色巨人即可。
右門BOSS是T-幽靈，其實就是FC的BOSS的加強版，戰鬥方法也差不多，注意回覆要跟上，同時注意敵人的AA抵消彈會打斷我方吟唱的魔法。
正門BOSS是神龍，注意防禦混亂和氣絕。對方會使用根源屏障，所以此戰魔法角色只能輔助和回血了。
大門是整個遊戲最後的總BOSS——世界之意志。該BOSS開場之後第一次行動會使用“煉魔招來”召喚出七個屬性的聖柱，七個柱子分別對應其中屬性，只有對應屬性的魔法以及無屬性的物理攻擊才能攻擊，七個柱子被全部消滅之前，BOSS的本體處於無敵狀態，這期間敵人只會使用魔法“七曜危機”，傷害會隨着柱子的減少而減少，初期七根柱子的狀況下釋放時如果沒有防禦的話很容易滅團。七根柱子清理完畢之後就可以攻擊BOSS本體了，這階段BOSS會召喚小怪(小怪攻擊力很強，死後會自爆，還會令我方人員消失)，使用“邪光波·蛇神之預言”之後使用“聖痕炮·星球之毀滅”，聖痕炮的殺傷力極強，一般情況下只有滿血的金和導力裝甲狀態的提妲能剩點HP，其餘角色都會被滿血秒殺，所以一旦對方使用邪光波之後務必給全體隊員套上牆。
本戰有兩種方法，第一種是在敵人召喚聖柱之前就消滅掉，該方法一般是高手玩的，作戰隊員一般是連鎖組或是理查德等人，並且需要對AT欄有着精確的控制，這裏就不介紹了，大多數玩家的玩法應該是這樣的：凱文的S技設為星杯領域，開場全員不進行物理攻擊，只用“時間加速改”、“星之守護”或是“強音之力”等魔法增加速度、攻擊力等等，當對方召喚出七根柱子之後全員使用對應的魔法或是物理攻擊柱子，由於七曜危機吟唱時間很長，所以在釋放之前保證放出星杯領域即可。隊伍中如果有一名擁有全屏S技的隊員的話，戰鬥就會變得很容易(凱文的兩個攻擊S技和理查德的殘光破碎劍都有屬性，不能隨便使用)，記得多用莉絲的“聖潔祝福”給需要CP的隊員補充CP。清完柱子之後注意全員時刻有牆，之後物理系衝到前線慢慢砍就能保證獲勝。
戰鬥後漫長的劇情，大家相互告別的劇情非常感人(很多角色從此以後就沒有出場了，所以珍惜吧)，遊戲結束。
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