1.4 戰鬥部分
1.4.1 戰鬥基本
具體怎麼發生戰鬥就不説了，説説基本的戰鬥規則。
戰鬥的基本是回合制，大家先後出手。選擇寶可夢的招式進行戰鬥，一方的寶可夢HP歸零了就算戰敗。在與野生寶可夢或者NPC的戰鬥中可以使用道具，與玩家之間的戰鬥就只能依賴戰鬥前就放在寶可夢身上的道具了。
每個寶可夢最多可以使用4個不同的招式，而每個招式都有一個叫做PP的數字，代表招式的可使用次數。當寶可夢的所有招式的PP都用完的時候，選擇戰鬥的話就會默認使用招式“掙扎”。
戰鬥中如果遇到了棘手的敵人，可以更換寶可夢、用對敵人有效的招式進行戰鬥。更換寶可夢來更加靈活的應對，這也是最重要的戰鬥思維之一。
本作中取消了前代的羣戰模式，但會出現“闖入對戰”這個新玩法。闖入對戰是指玩家在與野生的寶可夢戰鬥的時候，回合結束時該寶可夢有一定概率呼喚同伴。闖入對戰中召喚的同伴一般是與自己在同一個進化鏈上的寶可夢。
1.4.2 屬性剋制
屬性是寶可夢的基本信息，屬性剋制也是《精靈寶可夢》系列經典的元素之一。最開始獲得的初學者寶可夢也是互相剋制的三種屬性火、水、草，俗稱御三家。戰鬥時的基本就是使用剋制對方屬性的招式，在遊戲的過程中可以逐漸記住目前已有的18種屬性之間的剋制關係。
▲面對已經預見過一次的寶可夢時，招式右下角會顯示效果
本作中在戰鬥中選擇招式的時候，如果面對的是已經遇見過一次的寶可夢的話，就可以在招式的右下角看到招式效果。這一點比前作更方便，在不知不覺的過程中就能夠記住屬性的剋制關係。
寶可夢可以有兩種屬性，比如火斑貓是火屬性、而木木梟則擁有草屬性與飛行屬性。並且如果一個寶可夢有兩種屬性的話，這兩種屬性的抗性與弱點則互相疊加。比如飛行屬性與草屬性都被冰屬性剋制，那麼擁有這兩種屬性的木木梟受到冰屬性攻擊的時候則會受到4倍傷害;而蟲屬性克草屬性，而蟲屬性對飛行屬性無法造成有效傷害，那麼具木木梟受到蟲屬性攻擊時則是1倍傷害。
1.4.3 異常狀態
▲異常狀態會顯示在名字邊上
異常狀態指的是寶可夢在對戰中陷入異常狀態，會顯示在寶可夢的名字旁。目前有六種異常狀態，分別是灼傷、冰凍、麻痺、中毒、劇毒與睡眠。有些狀態不僅會扣除寶可夢的HP，還會對寶可夢的攻擊力、速度造成影響。
需要注意的是異常狀態之間不能互相替換，也不能疊加。也就是説我不能讓一個處於麻痺狀態中的寶可夢變成燒傷狀態，也不能讓一個寶可夢同時陷入燒傷與麻痺狀態。但混亂、挑撥這些狀態可以與異常狀態疊加。
如果中了異常狀態，是不能通過更換寶可夢來恢復的，就算戰鬥結束了也會繼續保存着。玩家可以通過道具、招式恢復，也可以通過本作新增的寶可清爽樂來治療異常狀態。直接前往寶可夢中心恢復也是可以的。
1.4.4 戰鬥規則
▲皇家對戰
《精靈寶可夢》系列有着許許多多的對戰規則，不同的對戰規則玩起來的感覺基本是不同的遊戲。在主線流程中，大多數都是1V1，有些時候是2V2。不過所有規則都是速度快的寶可夢先行動，差別在於中戰術上的選擇與寶可夢的搭配，詳細的細節會在3.1.1 對戰規則中介紹。
在本作中還增加了新的規則“皇家對戰”，這個規則是四個玩家一起參加的模式。4個玩家分為四個不同的陣營，以1對1對1對1的方式戰鬥。當有一方玩家的寶可夢全部被打倒之後戰鬥結束，打倒寶可夢的數量與剩餘寶可夢的數量將決定這場比賽的優勝者。這種規則比目前已有的規則更加的勾心鬥角，玩家在打倒其它的對手的同時，也可以為了避免對方得分而幫助其他的玩家。
1.4.5 超級進化(MEGA進化)
《精靈寶可夢XY》中加入的最新系統“超級進化”(以下MEGA進化)，玩家獲得“鑰石”之後，就能在戰鬥中與攜帶了對應“超級石”的寶可夢(烈空坐除外)產生共鳴進行進化。在《日月》中，除了這個條件以外，寶可們關於訓練家還需要存有深厚的牽絆才能夠進行超級進化，這個條件暫時不明確是什麼意思，需要有更多的新情報。
每場戰鬥中只能使用一次MEGA進化，並且MEGA進化之後的寶可夢除非被打倒，否則只有在戰鬥結束之後才能變回原來的樣子。不過MEGA進化之後不會有任何消耗，在戰鬥中儘管盡情的MEGA進化吧。具體介紹可見3.6 超級進化(MEGA進化)。
1.4.6 Z招式
Z招式是本作最新加入的特殊招式，是所有寶可夢都能夠使用的、獨立於正常4個招式的第5個招式。由於Z招式具有比目前已有的招式都要強力的效果，所以一場戰鬥中只能使用一次。
與MEGA進化一樣，Z招式需要有玩家持有Z手環、寶可夢帶上對應屬性的Z純晶才能夠使用。此外有一些特殊的寶可夢還會使用專屬的Z招式，比如卡比獸的“認真起來大暴擊”就是一個專屬Z招式，攜帶的Z純晶也是卡比獸Z而不是一般純晶。
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