尼爾R背景
凱姆和母天使的戰鬥被稱為“612”事件，同年晚些，新宿爆發致命疾病，患者逐漸分解成鹽，就像母天使死時的樣子。次年研究機構給此病命名”白鹽症”，簡稱WCS(white chlorination syndrome)但病因仍不明朗。
事實上被感染WCS的人會被迫在神明面前做一個二選一的選擇題：直接死掉或者成為神明的無腦走狗。日本政府計劃在新宿周邊樹立巨牆隔離這片區域，然而迫於輿論計劃只得暫時擱淺。情況在一個明星在新宿被患者攻擊死亡後產生了變化，政府藉此良機重提舊話，這次人們終於同意了這項提案，建立了“傑里科之牆”。建成之後仍有志願者進入牆內，希望能給研究帶來進展。
2006年，一個不明團體進攻了存有安吉麗斯屍體的研究所。2008年傑里科之牆從內部被破壞，有同於612事件時的奇怪聲音從牆內傳來，一大羣白色生物掙脱城牆屠殺外部的平民。
這羣生物被稱為“軍團”，越來越多的人感染WCS，與此同時越來越多的怪物加入軍團，自願成為神明的武器。軍團首領“紅眼”是誰至今仍無定論，不過普遍意見是龍背1主角凱姆就是所謂的紅眼。
迫於無奈之下日本和美國政府決定向新宿投放核彈。爆炸之下軍團消失無蹤然而異界來的神祕物質卻因為爆炸四處飄散。2010第一起日本之外的WCS感染被發現，隨州亞洲各地出現了軍團的身影，進而全球。
對安吉麗斯屍體進一步的研究揭開了“多元世界現象”，並且確定了和凱姆及母天使一同而來的還有來自異世界的物質：瑪索，WCS的罪魁禍首。
2014年Gestalt項目成立，運用瑪索科學家成功分離了人類的肉體和靈魂，Gestalt項目意在分離人類靈魂儲存起來，在危機過後的未來再被喚醒，然而支持者了了。
2016，新項目Luciferase成立，Luciferase可以大幅減緩WCS惡化的速度。注射了Luciferase的精英士兵和軍團僵持了數月然仍舊不敵。科學家隨後發現Luciferase給年輕患者注射更有效果，與此同時“哈梅林”集團成立，意在訓練和Luciferase兼容的孩子抵抗軍團。日本政府不喜軍隊過於信任哈梅林，投資成立了國立武器研究院研究瑪索以期武器化。
常年的戰爭使各地民不聊生，2025年第一個“複製人”誕生。複製人是為了解決靈魂分離後的人類醒來失去肉體的情況。2030年紅眼在耶路撒冷被殺，失去首領的軍團很快不復威脅。
然而WCS的傳播仍未停止，2032年民眾終於同意了Gesalt計劃。機器人被製造出來看護人類。製造出來的複製體免疫WCS並被賦予了最基本的智能。次年Grimoire計劃實施，旨在存放人類的靈魂到一個書一樣的容器中。
Grimoire計劃下13本書被造了出來，頭兩部被分別命名白之書與黑之書。如果它們被同時啟動人類就會立即在複製品體內被喚醒。之後科學家發現被剝離的靈魂如果在幽魂狀態下持續太久會失去理智最終發狂，唯一的預防措施只有從一個剝離成功後的靈魂抽取出固態瑪索。黑之書被認為擁有最高几率製造出這種原型Gestalt, 於是數本黑之書的克隆被製造出來。
黑之書的克隆被分發給乞丐和窮人希望能找到一個原型Gestalt,尼爾和他的妹妹也拿到了一本，然而看到不少與黑之書籤訂契約的人被剝離後的靈魂暴走，尼爾帶着妹妹逃離了新宿。
然而尼爾的妹妹尤娜染上了WCS, 世界淨化阻止允諾尼爾如果他願意自己的靈魂被抽取成為Gastalt,他們會冰封尤娜直到1000年後Gestalt計劃徹底成功。為了拯救尤娜，尼爾和黑之書籤訂了契約，他成為了原型Gestalt和魔王向Gestalt計劃持續提供瑪索。
2764年，在機器人指令下不停與軍團戰鬥以及清除瑪索殘餘的複製人逐漸產生了自我意識。
3276年，一個想要拯救愛人的複製人帶着愛人的屍體去了紅眼被殺死的地方，耶路撒冷，希望那兒殘留的白色迷霧能讓他的愛人復活。從霧中出來的愛人眼睛卻變成了紅色，並且瞬間殺了這名青年，新一代紅眼就此誕生。
3287年， 復活的紅眼持續進攻複製人，然而有着一名機器人和4名複製人的小隊經過艱苦戰鬥最終除掉了紅眼，同時地球上最後一點瑪索殘餘也被清除成功，淨化成功結束。
3288年，淨化後人類靈魂逐漸甦醒，然而當他們找到自己的複製體想要植入靈魂時，複製人卻把這些靈魂當成怪物(他們的外表就是shade)，人類(shade)和複製人的大戰就此展開。然而也有少數機器人管理者統治的地方複製人成功接受了人類的存在，並且讓他們在自己體內被喚醒，而這些人也成為了機械紀元裏僅存人類的祖先(推測)。
3300~，儘管有尼爾提供瑪索，沒有找到身體的人類靈魂還是不停狂化，見此情況尼爾日漸懷疑尤娜究竟能不能被治好,他決定自己採取行動
尼爾R劇情故事
之後Nier Replicant遊戲的故事發生，簡單來説來自舊世界的機器人管理者Devola和Popola察覺到人類在狂化的威脅下瀕臨滅絕，無奈之下她們讓照顧感染有黑紋病(1)的複製體尤娜的複製體尼爾找到白之書，寄希望融合白/黑兩書能讓人類靈魂強行植入複製人體內。隨之複製體尤娜被魔王(尼爾本人)綁走，希望能將真尤娜的靈魂傳輸到複製品尤娜的身體裏。為了救出尤娜，尼爾複製品聯合了半人半shade的凱恩，看上去是個小男孩實為祕密武器的埃米爾花費5年時間找到了魔王，此時尤娜的靈魂已經進入了她的複製品身體中，但是感受到複製品對哥哥的思念，她放棄了佔有就此死去。決戰過後凱恩WCS發作，為了拯救凱恩尼爾複製品犧牲自己，醒來後的凱恩和尤娜就此徹底忘記了尼爾，彷彿他不曾存在過一般(結局D)，而魔王尼爾的死亡也讓Gestalt計劃徹底破產，所有原型人類失去瑪索的供給加速死亡。
1.黑紋病：原型狂化的複製品會逐漸感染此病，全身被黑色文字纏繞直至死去
緊跟在結局D的結局E中，3473年凱恩在森林中發現了一座鐵塔，鐵塔的作用是在現有複製人的基礎上製作新的複製人，確保Gestalt計劃能繼續下去。在塔內凱恩結識了一個自稱是森林看守者的年輕人，他説他的存在和白/黑之書類似，並且指出這座森林是古代人類研究惡魔元素(瑪索)的場所。隨後他暗指這個地方的時間所剩無幾，銷燬程序已經開始了。埃米爾幫助凱恩摧毀了鐵塔，與此同時看守者不停的向凱恩提起一個她怎麼也想不起來的人。最後看守者斷言這個世界是個失敗品，最終到達能量源頭的凱恩和重新制造出來的尼爾複製體團聚。
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