《口袋妖怪：漆黑的魅影》5.0版本中，一上來就是小田卷博士與我們對話，根據引導設定好自己的性別以及名字，然後劇情是玩家扮演的主角陷入了莫名的沉睡，目前是在進行引導主角醒過來的實驗中。具體劇情流程如下所示。
漆黑的魅影5.0攻略
在小田卷博士的引導下正式開始黑魅之旅
選好性別、名字
首發場景是小田卷的研究所，主角和女主都陷入了不明原因的沉睡
阿克羅瑪説要用奇怪的裝置引導主角清醒過來
漆黑創世傳説，包含了一二三週目地區的預告
然後是主角的夢境裏，選擇最上方的紅色大門，其他兩個進不去
回到了卡車內，這是主角來到芳緣的第一天
下車，媽媽來打招呼，然後是上樓，調時間
調好後媽媽會過來對話，可以從電腦裏拿出一個傷藥
依然看不到爸爸的鏡頭，媽媽説要你去找小田卷博士
博士不在家，先去拜訪一下鄰居(未白鎮平面地圖)
去二樓調戲下小遙，就出門吧
向上走，發現小田卷博士再次被追了(為什麼説再次呢==)
選初始精靈吧(小夜選了傲嬌蛇)
初始精靈：暖暖豬，技能：撞擊+叫聲
球海獺，技能：撞擊+搖尾巴
藤葉蛇，技能：撞擊+瞪眼
對方是Lv.2蛇紋熊，輕鬆搞定
回到研究所裏，從博士那裏拿到精靈後答應去找小遙
向上穿過101號道路(101號路平面地圖)
來到古辰鎮(古辰鎮地圖)
在店員那裏拿到一個傷藥
繼續向上，在幻影之森找到索羅亞變成的小遙
被識破後進入戰鬥，Lv.5索羅亞
戰鬥勝利後得到Lv.5索羅亞
小遙表示要跟主角在103號道路比試(103號路平面地圖)
在下方路口找到小遙，對話進入戰鬥，小遙精靈：Lv.5火雉雞
勝利後得到小遙的半個愛心球(定情信物吧~)
原路回到研究所，得到精靈圖鑑和精靈球*5
出門媽媽給了風速鞋，按B鍵，模擬器X鍵可以跑步
出門向上走，在未白鎮上方草地可捕捉草系御三家
古辰鎮上方是水系御三家
古辰鎮左邊是火系御三家
在102號道路(102號道路平面地圖)
打敗幾個訓練師，在路口被叫住了，竟然是火箭隊
火箭隊的目標當然是主角手上的精靈了，進入戰鬥
火箭隊精靈：Lv.5喵喵
勝利後火箭隊跑掉了，而此時在研究所內，阿克羅瑪發覺有些不對勁
繼續向左，來到橙華市(橙華市地圖)
先去道觀看看吧
與爸爸對話後，與小光一起去抓精靈，此後略去無數字
與亞希達相遇(之後就不提這時不時出現的醬油君了)
繼續向左上，來到橙華森林(橙華森林地圖)
老地方又跟大叔見面了
水艦隊參上，進入戰鬥，對方為：Lv.9土狼犬
勝利後得到超級球
走出森林來到104號道路(104號道路地圖)
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