第二章 命の燈火
使命1 サキモリ砦攻防戦
目標：與八雲對話;完成任務「サキモリ砦防衞戦」;追蹤“鬼”的痕跡;完成任務「ダイバタチ討伐戦」
與八雲對話後開啟任務，前往マホロバ丘陵地下方的サキモリ砦，之前鎖着的門開啟，走至深處觸發戰鬥，與グウェン、椿、神無一同討伐中型鬼：グヒン，體型不大但傷害可不低，切勿貪刀。
戰勝グヒン後沿路來到武の領域，在目標地點開啟鬼眼循着白煙前進，來到一片雪原處白煙消失，大型鬼：ダイバタチ出現，注意此BOSS二階段傷害會提升不少。勝利後發生劇情，之後回到村子裏。
使命2 新たな仲間たち
目標：向博士報告;邀請椿和神無一起出任務;與椿、神無、真鶴一同關閉「武の領域」的瘴氣穴
去實驗室向博士報告，之後“素材合成”功能解鎖，可以使用特定的原材料合成升級裝備所用的素材。
依次與椿和神無對話後真鶴也會加入隊伍，眾人一起前往「武の領域」的瘴氣穴處合力將其關閉，之後用旁邊的跳界石回到村子。
使命3 天狐狂騒曲
目標：與神無見面;向椿詢問天狐的居住地;前往小料理屋;完成任務「天狐救出戦」;把天狐交給真鶴;前往實驗室
在河邊與神無見面，這次的使命是幫助他抓一隻天狐。找到椿後前往小料理屋觸發劇情，之後傳送到監視小屋向下走，使用鬼手跳過一個台子後找到天狐。
幹掉出現幾隻小型鬼：ヌエ後任務完成，回到村子與真鶴對話後開啟新功能“天狐共同作戰”，先去完成任意一個共同作戰，之後回到家中就可以讓天狐跟自己一起討鬼了，最多可以有7只一起出現。
前往實驗室後發生劇情，大型鬼：アマツミツツカ從空中來襲，鬼內因為有結界保護安然無恙，但外樣受到了重大傷亡，之後就是一段比較沉重的劇情了...
使命4 涙に暮れて
目標：與眾人交談;確認椿的情況;帶着かぐや去找椿;與久音對話;完成任務「アマツミツツカ戦」
與石碑前的眾人對話，之後去查看椿的情況，帶着巫女かぐや去找她，然後再去久音處觸發劇情，眾人決定向アマツミツツカ復仇。
傳送至武の領域向右下方走，來到神社中央後アマツミツツカ出現。此BOSS難度不大，但體型較小並且會長時間浮在空中，想要全部位破壞的話建議使用空戰強力的武器或提前攢好共鬥槽。擊殺之後第二章結束。
第三章 鎖をひきずって
使命1 節分
目標：與村中居民交談;與椿交談
醒來後正是節分時節，先去跟所有的NPC問個好，全部打完招呼後鍛冶屋的裝備強化等級上升為+6。
與椿交談觸發劇情，序章出現過的軍師九葉帶着前作角色初穂、相馬登場。
使命2 記憶の手がかり
目標：與九葉交談;與博士交談
與這位故人交談後得知他這10年是如何度過的。前往實驗室與博士對話，之後就可以前往新的戰場：戦の領域。
使命3 「戦」の領域の浄化
目標：進入「戦の領域」;開啟鬼眼追尋鬼的蹤跡;完成任務「クエヤマ討伐戦」;關閉「戦の領域」的瘴氣穴;向博士報告;與刀也對話;完成任務「遺跡を目指して」
從サキモリ砦東側的道路進入「戦の領域」後一路向下走，來到目標地點後開啟鬼眼，循着白煙前行至一片空地，大型鬼：クエヤマ出現。此BOSS是前作的老朋友了，攻擊套路沒有變化，基本沒有需要注意的地方。擊殺後前往瘴氣穴處關閉之，然後使用旁邊的跳界石回到村子裏。
向博士報告後幾位隊友一言不合便開始互毆，劇情結束後跑去找刀也對話，之後再次回到實驗室與博士對話開啟下一個目標。
傳送至「戦の領域」向右下方前進，穿過天空安土城來到目標地點，正想調查遺蹟時大型鬼：ヒノマガトリ出現。前作的老怪，因為本作各種戰鬥系統的革新可以明顯感覺到更好打了，擊殺後使命完成。
使命4 マホロバの明日
目標：與村民們對話;與時繼對話;參拜西歌之墓;將記憶之石交給博士;閲讀記憶之信
回到集會所後先跟身邊的紅月對話，之後與村子裏的居民們對話聽取他們對於鬼內和外樣共存的意見。
之後跟時繼對話瞭解村子以前的故事，前往西歌之墓調查後獲得記憶之石，將記憶之石交給博士換取記憶之信，回到自宅閲讀記憶之信瞭解西歌的願望。
使命5 脱出行
目標：帶着かぐや前往「戦の領域」;完成任務「センザンオウ討伐戦」;完成任務「マホロバの英雄」
一長段劇情後帶着かぐや前往「戦の領域」的跳界石處，為了救真鶴要去取得時忘草。進入空中安土城後大型鬼：センザンオウ出現，體型高大且位移靈活，注意不要站在它的前方，另外完全破壞腿部後它會換成四手着地的戰鬥方式，會好打很多。
幹掉之後回到村子，馬上又是一場惡戰，初代的象徵，大型鬼：ゴウエンマ出現，不過在新系統面前遠不如前作強力，擊殺後第三章結束。
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