回去不能乘電梯了,而是由尚恩的房間出去,直接走旋轉樓梯上行。穿過玻璃通道,可以看到一些呆若木雞的合成年人,他們都被關機了。
沿着旋轉樓梯下行,返回到庭院,和夥伴們一起清理合成年人,一起進入先進系統的大門。消滅出現的合成年人,進入反應堆車間。
往右邊是一條維護通道,左側牆上有三隻炮塔,逐只摧毀再前進。
控制室裏有台終端機,解開它的話可以啟動輻射淨化系統,減少輻射量。同時還可以關閉炮塔。
進入車間消滅科學家和合成年人,登上平台打開反應堆的大門,將核脈衝炸彈放置到裏面。然後和麥克森長老交談,諸人被英格蘭姆傳送出去。
回到英格蘭姆這邊的房間,一個自稱是尚恩的小男孩稱呼主角為媽媽(爸爸),他真是尚恩還是合成年人呢?此時可選擇帶走他或者拒絕。
用傳送機來到遠處的建築天台,主角按下了引爆器的按鈕。轟隆一聲巨響,火光燭天,整座學院化為廢墟,連同它的逆天科技。