逃脱與隱藏
在刺客信條2剛開始時，戴斯蒙德仍然身處阿布斯泰戈的實驗室，時間上接續上一代遊戲結束後的幾小時。露西突然出現，衣服上帶着血跡，並命令戴斯蒙德趕在阿布斯泰戈發現她的所作之前儘快進入阿尼穆斯。戴斯蒙德相當困惑，不過還是照辦了。他進入了阿尼穆斯經歷了他另一位祖先埃齊奧·奧迪託雷的誕生——他是戴斯蒙德和16號實驗者共同的祖先。隨後兩人一同開始逃離阿布斯泰戈。
結束了被阿布斯泰戈的保安人員發現後的遭遇戰，兩人進入一處巨大的開放空間，裏面擺滿了工作間和相當數量的Animus。隨後戴斯蒙德使用鷹眼的能力，打開了露西沒有密碼無法打開的電梯門鎖。在停車場，兩人被蜂擁而至的保安人員包圍，幹掉他們後逃離了阿布斯泰戈。
到達藏身處後，戴斯蒙德被介紹給另外兩位刺客肖恩·黑斯廷斯和瑞貝卡·克瑞恩——和露西有常年交情。露西告訴戴斯蒙德，他們希望他成為他們中的一員，藉助“流血效應”的作用，他們在幾天內就可完成他的訓練，只要他追隨他另一位祖先埃齊奧的經歷。戴斯蒙德同意之後進入了阿尼穆斯2.0。
通過埃齊奧的記憶，戴斯蒙德逐步學會了刺客的行動方式。為了避免重蹈覆轍，像16號實驗者一樣在Animus中過長時間而導致精神混亂，一方面也是為了檢測他的成果，露西讓戴斯蒙德離開Animus，去開啟他們藏身處的安全系統，以此對他的鷹眼和攀爬的技巧作檢測。但是隨着他的行動，戴斯蒙德開始看到十字軍時代的幻影。開剛始幻影很短暫，並沒有造成困擾。然是在完成任務後，戴斯蒙德因為更真實的幻覺而暈倒，在沒有使用Animus的情況下，他的意識被帶回阿卡，再一次進入了阿泰爾的記憶，他發現阿泰爾和瑪利亞·索普似乎已經有了孩子，也就是他的下一位祖先。
第二天，戴斯蒙德隱瞞了這段經歷，重新進入Animus，繼續查看埃齊奧·奧迪託雷 的基因記憶，期間一度因為“記憶訊息損壞”而被踢出Animus。最終，他們瞭解到埃齊奧的頭號敵人，聖殿騎士首領羅德里格·博吉亞 ，是在1492年成為教皇的亞歷山大六世，他已經獲得了另外一塊的伊甸碎片“伊甸權杖”以及知曉了地下墓室存在祕密。隨着埃齊奧的故事進入結局，戴斯蒙德和刺客們目睹了他在梵蒂岡教廷的地下墓室裏經歷。埃齊奧發現自己面對着一位自稱為密涅瓦 的“神”的全息圖;密涅瓦警告了刺客們關於世界的末日，並告之了他們“先來者”和人類祖先之間的發生過的戰爭。令人震驚的是，密涅瓦叫出了戴斯蒙德的名字，這令埃齊奧更為困惑，密涅瓦竟然是在通過埃齊奧在與戴斯蒙德對話。戴斯蒙德退出Animus，看到其他三人正忙着收拾行李，聖殿騎士已經發現了他們的所在地。
離開Animus後，露西丟給戴斯蒙德一套袖劍 ，要他和自己一起去掩護撤離。韋迪克出現在倉庫裏，帶着一羣Abstergo保安人員，企圖捉回戴斯蒙德。兩名刺客開始與聖殿騎士交手。戴斯蒙德通過與埃齊奧的完全同步，已經熟練掌握了袖劍使用方法，殺死了多名警衞。最終只剩下韋迪克一人面對戴斯蒙德，他在撤退的同時聲稱刺客們的勝利只是暫時的。
四名刺客開始向北方撤退，戴斯蒙德又進入Animus繼續搜索有用的記憶，其他刺客們則開始討論起關於密涅瓦 的話題。
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