首先是二週目的劇情
1.去8號道路的汽車旅館中，可開啟尋找UB系列任務
2.去一島島主 哈拉家前面的競技場，可看到哈烏鍛鍊骷髏隊雜魚的小劇情
3.去13號道路的2台廂型車的其中一輛車內，可見到布爾美麗，對話後會聽到她對於古茲馬的抱怨
4.去8號道路的旅館櫃枱處找櫃枱小姐對話，可讀到中二哥寫給理事長的信
5.開啟UB劇情後，隨着UB捕捉劇情的進展，可在乙太樂園B2研究室中，與研究人員對話，瞭解他們對UB的研究進展
接着是二週目才能拿的道具：
1.去找博士，當圖鑑紀錄總數有50種以上時，可拿經驗蛋
2.去看莉莉艾的日記，看完後找博士講話，拿技能機--替身
3.去度假海灘的飯店，找飛行系四天王--卡希麗，拿技能機--欺騙空間
4.去波尼古道右測，會遇到卡洛斯博士助手二人組，打贏後可入手MEGA手環&胡地MEGA石
5.去地鼠洞穴入口處左側的大樓內，二樓是GAMEFREAK工作室，可與森田對戰，打贏後入手圓之守護(增加出蛋率)
6.去阿塞蘿拉(幽靈系隊長)居住的乙太之家內找女性研究員，可拿升級資料(3D龍進化為3D龍2的素材)
7.去乙太樂園一樓內部找札奧博對戰，戰勝後入手可疑修正檔(3D龍2進化為3D龍Z的素材)
8.去乙太樂園二樓保護區找中二哥，他會贈送屬性:空，贈送完畢後會額外贈送屬性:空專用的17種屬性記憶體
9.先去8號道路觸發帥哥&莉拉的劇情，之後去乙太樂園地下二樓，會遇到碧柯，對話後拿到大馬拉薩達x2
10.去乙太樂園地下二樓內的第一間小研究室內找女研究員對話，對話後入手基因之楔、懲戒之壺、心之水滴
11.去波尼鼓浪巖岸找一對比基尼進行雙打對戰，戰勝後入手技能機--衝浪 & 攀瀑
12.去二島的超值超市找資深訓練家對話，展開伊布行家搜索任務，全部都找完後再與他對戰，戰勝後入手伊布Z石
13.去2號道路與古茲馬對戰，戰勝後可拿到覺醒石
14.去訓練師學校與校長對戰，戰勝後可獲得王者之證
15.去可霓可市的瑪奧(草系隊長)家的餐館，找餐館內的前骷髏隊隊員，對話後可獲得泡沫奶油 & 香袋
16.去歐哈納鎮一樓找牛仔大叔，他會贈送護具(鐵甲暴龍進化為超鐵暴龍用的素材)
17.去8號道路會遇到阿克羅瑪，對話後他會贈送蓋諾賽克特專用的四種卡帶
18.去1島的戰爭遺蹟對面，可撿到電氣種子
19.前往波尼古道，之後可進入波尼樹林、波尼曠野(技能機-10萬伏特、技能機-延後)、波尼花園(技能機-過熱)、終結洞窟(技能機-地震、大地膜、電氣球、命玉)、波尼海岸、波尼險路(薄霧種子)、對戰樹(關東御三家專用MEGA石)
20.去好奧樂市的購物廣場內，古董店中原本不賣東西的男子，會追加販賣阿爾宙斯專用的屬性石板中的8種
21.去瑪奧家二樓拿龍之牙
22.去哈依納沙漠，進去後先往北走，到下一個場景後往東走，可在下一個場景中，看到一位大叔在植物下乘涼，對話後他表示想看太陽巖or月石，獎勵不明
23.去海洋居民之村的寵物小精靈中心內，找左上角的觀光客對話，可開戰，戰勝他的色違蛋蛋後，他會贈送金珠x6(黃色笑話梗)
24.去好奧樂市的海灘區，可用狗探索到冰柱石板
25.去好奧樂市的商業區，可在理髮店的椰子樹前用狗探索到玉蟲石板，可在市政中心旁的草叢中用狗探索到碧綠石板，可在通往2號道路的場景切換點附近用狗探索到劇毒石板，可在警察局的警車旁邊用狗探索到龍之石板
26.去1號道路，在博士家前面的沙灘上往右上沙灘處前進有一顆椰子樹，樹下可用狗探索到大地石板，回到主角家後可再主角家的出入口處旁邊的小庭院內用狗探索到神奇石板
27.去訓練師學校，在學校右上角有一座焚化爐，焚化爐的旁邊可用狗探索到火球石板
28.去2號道路的墓園中，可在女牛仔背後的黑色墓碑前用狗探索到妖怪石板
最後則是二週目才能入手的特殊PM：
1.去阿塞蘿拉(幽靈系隊長)居住的乙太之家內找男性研究員，可拿3D龍
2.去乙太樂園二樓保護區找中二哥，可拿屬性:空
3.去四座島嶼的遺蹟深處調查石像，可與四島守護神開戰並且捕獲
4.觸發UB劇情後，可隨着劇情去捕捉UB
5.去太陽or月亮遺蹟深處，可穿越時空縫隙，並且取得小星雲
至於以下幾項，我是在二週目後才觸發的，但網路上顯示，這幾項似乎一週目就能入手，所以我不確定是否是二週目限定
1.去好奧勒市政中心找櫃枱婆婆，拿安心風鈴
2.去9號道路的警察局，觸發警察&布盧的對話後，可入手氣勢頭帶
3.去瑪莉埃庭園左上涼亭處有一位看湖的少女，對話後進行問答，選擇暴鯉龍後答對，可入手氣球
4.去瑪莉埃市的馬拉薩達店內找智揮猩對話，對話後可獲得技能機-遷怒，之後警察會贈送技能機-報恩(夜晚限定)
5.去空間研究所找芭內特博士，拿現形鏡
6.去好奧樂市的購物廣場內，可在古董店中與女性隊員購買金剛寶珠、白玉寶珠、白金寶珠、硃紅色寶珠、錠藍色寶珠
7.去好奧樂市的購物廣場內，在舞台上有一隻臭泥，靠近後觸發撿垃圾小遊戲，完成後可入手技能機-輪唱(夜晚限定)
8.去好奧樂市的購物廣場內，在廣場內的服裝店中，櫃枱靠內側的女店員對話後，贈送葛拉西蒂亞之花
趣味遊戲館
