序幕---D之殘影
羅伊德一行人為追捕阿魯泰爾市逃脱的叛變前議長及其手下，在兩位導師的陪同下追擊到該市區附近的山洞遺蹟。一行人在洞口感到了強大魔物的氣息，並且冒出兩隻強大的獨眼獸。之後四人力戰克敵。作為序幕的第一場戰鬥很簡單，由於兩位強力導師的存在幾乎沒有什麼難度。而半即時回合制度下的戰鬥模式也沒有過於複雜的地方。合力消滅完魔物，大家進入了阿爾泰據點舊址。
玩家在戰鬥過程中要注意反擊的定義：即為攻擊MISS時，在攻擊範圍內的可能性反擊。而遊戲的戰鬥輪次則是根據左邊欄的行動順序自動進行。
進入舊址，從導師得知原來這曾經是DG教團六年前進行可怕魔物儀式的祕密據點，而亞歐里斯也猜測目標人物逃亡洞窟深處的儀式之間。不過在這之前，羅伊德和諾艾爾需要進入裝界面裝備上結晶迴路，才能繼續推進劇情。
之後一行人可以繼續深入洞窟，但是第一個場景左部的大門暫時無法打開。需要玩家繼續往右深入才能找到解鎖的辦法.來到右邊第一個場景北部的洞窟，來到深處即可發現解鎖的開關。中途玩家可以發現之前DG教團的魔族印記，眾人回想起諸多教團的罪惡行徑。
阿爾泰爾舊址的洞窟總體不是太複雜，基本沒有太過於繁宂的洞窟迷宮。每個方向的岔口基本上一次進入之後就可以發現其最終是否為正式的路途了。而在整個洞窟沿途會有數次左右的強行遭遇戰鬥，玩家務必要注意。從第一個機關門進入之後，來到第一個洞窟北部的岔口，下圖所示打開寶箱可以撿取到打火機。建議玩家裝備上避免後面的怪物對戰出現被凍結的狀況。
之後會出現強制戰鬥，對付四個暴龍。不過有兩個60級的同伴相做伴，其實難度不算太大。整個舊址的敵人即使讓羅伊斯和諾艾爾單獨應付，其總體的戰鬥難度也不算過強。所以整個序幕的戰鬥，玩家可以隨心而定你的戰術策略。除了BOSS戰鬥之外，玩家可以把序幕的戰鬥作為你的本做的上手模式。
暴龍強制戰鬥過後，搜查官和亞里歐斯對於當年教團的實力不以為然。之後眾人繼續沿着打開的洞窟往北前進。
玩家一般可以通過入口有兩個火焰塔來分辨該入口是否為主線路途。不過火塔未必為如下圖的形狀，一般有兩個可以進行初步的判斷。
來到洞窟中層的教團祭壇入口處，阿奈斯特原來挾持着前議長引領其通往深處祭壇核心的道路。而阿奈斯特也一路道出了自己的真因，以求到達核心接近真神來來到魔化的地步。而此時趕來的四人恰好追上了他們，第一場BOSS戰鬥來臨。阿奈斯特留下兩個人形兵器暫時阻擋眾人的追擊，而自己繼續挾持議長往深入前進。
人形兵器。如果是英雄傳説的老玩家應該不會對這個討厭的怪物陌生。不過總體而言，由於兩個60級高人的相助，其實本場BOSS戰鬥幾乎沒有任何的難度。兩個人形兵器基本不會在地圖上移動，其怪物屬性為基本的低等火屬性。玩家可以依據該屬性進行相應的屬性攻擊。整個戰鬥注意相對弱的羅伊德和諾艾爾的血量。
戰鬥結束，正當四人要追擊之時，由於戰鬥造成的衝擊使得道路被巨石砸毀。四人不得不分頭行動，而羅伊德和諾只能從另一條岔路前進。
之後的迷宮稍微有點複雜，不過玩家只需注意從有兩個火炬的入口進入即可。然後兩人來到第二個石門前，沿着右邊的入口進入打開開關即可。各位玩家在以後的迷宮中，如果發現找不到指定的開關，可以遵循如下的簡單原則進行嘗試，即按照指針的N方向前進搜尋。譬如該洞窟則是若按照指針N的方向即可順利進行主線。注意沿途的怪物很容易會從背後襲擊玩家。玩家需要注意你的陣形配置。當然一般情況下，玩家被襲擊之時是無法在戰鬥中逃脱的。羅伊德和諾單獨行動的過程中，玩家將會遇到幾次強制性的戰鬥，請小心應付。而一些具有召喚屬性的怪物，建議各位玩家保持獨立的站位來集中攻擊BOSS，而不要將過多的精力浪費於BOSS的召喚物之上。
進入第二個石門就會來到最終的BOSS戰鬥，也即將結束我們的序幕部分，之後阿奈斯特徹底魔化，進化為魔人形態。
魔化的阿奈斯特總體還是相當強力的，建議各位玩家在整體作戰過程中多使用魔法攻擊和戰技攻擊來提升其傷害值。
而整體的戰鬥而言，建議諾艾爾居後作為補給人員。而其餘則全程突前各個分散進行點攻擊，避免遭受BOSS的羣體大範圍傷害。整個BOSS戰鬥不是很難，玩家如果全程注意積攢CP，多使用S戰技即可全程穩敗BOSS。
而之後被打敗的阿奈斯特陷入癲狂，幾乎被魔化死亡。而羅伊斯的暫時勸導使得阿奈斯特得以暫時穩定心境，之後及時趕來的格拉漢姆將魔化的阿奈斯特救了回來，將其淨化回了人形。
之後眾人結束任務，各自分離返回本地。羅伊斯和諾則是踏上回歸克洛斯貝爾的路途。而之前的凱文 格拉漢姆神父與麗絲細聊了最近教會的諸多事宜。而凱文最後的一言則透露出對於克洛斯貝爾的擔憂之況。
在火車之中，羅伊德向諾艾爾敍述了克洛斯貝爾最近內部的種種亂向和不安定的因素。而兩人也期盼着與特別支援調查科眾多夥伴的匯合。
序幕正式結束，陽光照耀下的魔都即將又開始一場動盪。
之後繼續進行遊戲的相關入門教學，第一次接觸的玩家可以仔細瞭解整個遊戲的任務和快速旅行系統。
第一章 預兆~新的生活
第一章分為兩個階段。上部為兩個主線+兩個支線。一般在任務簡要説明之中。深紅色的代表為主線而淺色的為支線，一般來説兩者的完成過程不會互相影響。兩個主線關於艾格妮瑪II和確認帝國書記官兩個都是比較簡單的任務。第一個關於艾格妮瑪II，先來到中央廣場右邊區域的道具店同温蒂對話，取得兩個新的迴路；給剩餘的兩個同伴裝備上再同温蒂對話即可推進下一步任務。
之後會得到迴路的詳細解釋説明，如果玩家沒有了解清楚可以隨時詢問温蒂更加詳細的內容。而温蒂一旁的櫃員MM可以進行迴路的購買和外殼的更換，温蒂可以進行迴路的升級以及晶石的交換。不同的迴路作用不同，而新的迴路往往可以在迷宮的寶箱，任務的獎勵，以及部分的NPC處購買獲得。
之後玩家可以先行進行伊梅爾達館的通緝魔獸支線任務來，繼續推進主線關於艾格妮瑪II的戰鬥需求。
前往後巷的古董店，來到伊梅爾達婆婆處對話取得鑰匙。打開舊城區的上層房間進入即可，迷宮不是很複雜一條路到頭。之後所有隊友裝備完畢迴路戰鬥一次即可徹底完成主線關於艾格妮瑪II。而該支線最終的BOSS則是一個形狀大蚊子的超級巨型怪物。這個怪物沒有太大難度，其攻擊屬性為毒屬性。玩家只需集中力量消滅BOSS不必理會雜兵即可。
之後則是我們第一章上部的第二個主線，確認帝國書記官。大名鼎鼎的書記官雷克特潛入到市內之中，由於達德里搜查官處於外地公務，所以該任務落到我們隊伍的身上，來到行政區左邊的警察總部。進入到一層最左邊的房間同裏面的MM對話，開啟該主線的追蹤劇情。
之後大家先來到後巷中部可以發現劇情，遇到記者格蕾絲和黑月商會的曹，根據格蕾絲的消息得知雷克特處於東街的龍老飯店。
之後來到龍老飯店，發現雷克特居然在和廚師學習麻辣豆腐的做法。之後雷克特發現大家追蹤而來，大感不妙用言語讓大廚纏住了眾人而自己快速逃離。同大廚解釋清楚之後，得到了廚師手冊並且開啟製作食物的遊戲部分。玩家可以根據各個場景蒐集的食譜來進行食物的製作。同時玩家此時可以拿取之前伊梅爾達館深處不能拿取的食譜書了。從龍老飯店出現，大家同路人對話一路追蹤雷克特來到了中央廣場的左部百貨店上層。沒想到詢問幾句之後，雷克特居然又迅速逃離，不得已之下，大家來到後巷再次詢問路人得知其前往了歡樂街的左部賭場。
來到賭場，雷克特很出人意料之外的完全回答眾人的所有提問。而突然出現的紅髮少女則將雷克特喊走，並且胸襲了艾利。之後眾人完成調查回到之前的警察局覆命結束本主線。
結束之前的兩個主線就可以進行隱藏的任務 取締飆車族。這裏將遊戲的任務系統做一下説明。每個階段的主線和支線可以看作一個任務羣。每個任務羣之間都是相互獨立的，而所謂的期限消失也是依據任務羣劃分的。建議各位玩家按照遊戲之時將所有相關的主線和支線任務羣完成，從而避免任務消失無法進行的狀況。而隱藏的任務一般在本章節任務羣所有主線進行完成之後，自動開啟可進行。所以如果玩家進行隱藏任務的話，最好在所有的主線任務完成之後再進行啟動完成。
這個任務很簡單，就是簡單的問答遊戲。來到住宅街自動發生劇情，一行人差點被狂妄的飆車族撞到；之後同附近的警察聯繫來到歡樂街酒店附近的警察，與之對話開啟該隱藏任務，之後分別選擇將其引入死路，行政區即可自動發生劇情，並且結束本隱藏任務。
之後移動電話開啟劇情，西克洛斯貝爾街道道路解禁。玩家可以通過該街道徑直來到西南處的警察總部，半途會遇到紅髮大叔，其自身散發的強大氣場使得眾人不得不感到驚異。而眾人之後在道路邊發現之前支線任務的西克洛斯貝爾街道的任務魔獸居然被全部殺死（同時該支線自動取消），於是之後通過移動電話向總部調查人員彙報詳細的信息。其紅髮大叔的問題為簡單的52
。
之後從西克洛斯貝爾街道往南可以來到諾克斯森林道。這裏沒有什麼太複雜的地方。注意森林道入口附近的北部拐彎小平台，會有100級的魔獸寶箱。不建議此時玩家打開，玩家基本不是這些怪物的對手。一般而言，怪物寶箱和普通寶箱的花紋是不同的。玩家只需多打開幾個即可分辨出來。沿途玩家可以通過寶箱撿取到迴路 魔防1。
來到警察總部，同塞爾蓋科長的問答對話選擇 交通基本法講座，即可繼續推進劇情。
之後解鎖新的物件，導力車。玩家可以通過該工具在大地圖的各個城鎮進行快速的旅行。之後則是宂長的劇情兑換。眾人對於導力車的便捷頗為興奮，而大家也順途前往北部的大教堂將剛下課的琪雅接送回家。琪雅對於新的導引車讚賞不已，之後大家回到總部繼續開始下一階段的征途。有了導力車，玩家可以在大地圖快速的在各個開放的安全城鎮據點旅行。玩家可以通過遊戲中搜集的一些特殊物品進行導力車的改裝和升級。
回到總部仍然是宂長的劇情，同終端對話得知緹雅由於公務纏身而暫時無法迴歸。而之前返回的路途可以得知蘭迪正在同着隊友進行新兵的訓練纏身，大家只得繼續進行下一階段的委託。
之後鏈接終端可以開始我們第一章的下半部分的任務。下半部分為三個主線。這三個主線進行的先後順序沒有區別，都不會互相影響；故我這裏按照其初始的順序進行。
調查可疑住户。
這個任務就是簡單的跑腿任務，也是最基本讓玩家熟悉整個城市的各個區域的狀況。首先前往行政區的市政廳，進入同一層的櫃枱MM對話，開啟本主線的進行。之後首先來到住宅街---下層左邊第一個房，進入調查。
之後來到東街的釣皇俱樂部進行調查。
然後來到后街的左部酒吧，進入同三人對話繼續推進劇情；並且獲得魚竿和部分的魚餌，開啟遊戲的釣魚功能部分；從而以後玩家可以在地圖的水邊有水波紋的地方開始釣魚。
然後來到舊城區的出租蓮花公館，與一層最中間的房間互動，調查內部狀況推進劇情。
之後來到東街最左邊的房間，進入來到上層左邊第一個房間進入完成最後一部的調查部分。
完成所有的調查之後，回到行政區的市政廳同MM對話完成該主線即可。之後再回到舊城區的左部合適交易所，同亞修莉對話；進一步獲取之前郊外遇到紅髮叔叔的詳細信息，得知該人的危險程度。
之後離開舊城區，注意一定要從出口離開而不是從大地圖模式快速旅行。之後瓦魯多會主動跑出來同瓦哈對決，難度很低。這場戰鬥基本可以忽略，完成該戰鬥即可徹底結束本主線相關的所有內容。
尋找遺失的雨傘。
前往西部街區中部的麪包房，進入同老闆對話得知一個MM的傘被人誤拿取了，玩家需要幫助她找回並且換回被誤拿取的粉紅色傘. 之後對話得知其姓名並且選擇東街的居民。
之後先行來到東街釣皇俱樂部旁邊的民居，進入同廚房的婆婆對話；得知需要找的女孩在港口區附近。
來到港口區同中間廣場的雨傘大叔對話，得知小女孩藏在港口區碼頭的燈塔附近。
然後在燈塔的末端找到正撐着粉色傘的女孩對話完畢即可自動結束本主線任務。
參加β測試。
這個任務很簡單，就是前往IBC同羅伯茲主任得到波波碰遊戲的解鎖許可 然後返回終端將遊戲安裝到上，與羅伯茲主任開始一場對戰即可自動結束本任務。而遊戲的規則很簡單，類同於泡泡龍之類的消除遊戲。三個以上的相同顏色單位就可以消除，並且獲得更多的CP。玩家之後可以在本終端進行任意次數的遊戲。
隱藏任務：有關教團事件的協助採訪。
完成三個主線之後，來到行政區右部的圖書館，同一層布告欄附近的館長和記者對話即可自動開啟本隱藏任務，玩家可選擇調查或者不配合調查。如果配合調查，回答三個問題即可：答案分別是：以上兩者，是一名幹部祭司，五百年前；即可順利完成本支線任務。
之後離開圖書館，將自動進行移動電話劇情；玩家將進行第一章最後的一部分主線，前往瑪因茲鎮調查該處礦山的異常狀況。
玩家此時可以選擇從車庫快速前往該鎮或者沿着北部的山道步行過去。如果步行可以在沿途拿取到迴路 攻擊2和妨礙1，而快速旅行則不能。
之後同鎮東部的村長對話推進劇情，得知舊礦區此時出現一股奇怪的光景。一行人從村子離開並且沿着道路往西部前進來到舊礦區入口處。玩家注意的是，如果進入舊礦區則暫時無法離開並且進行其他的任何任務。眾人進入舊礦區不久，入口就被炸藥炸燬封死，不得已大家只得深入礦區進行，半路眾人可以在礦區感到這裏的奇異生態，發現生長着不可思議的魔物體。
之後遊戲自動開啟爆靈系統。爆靈系統下，玩家的戰鬥屬性將大幅度的提升；但是其發動的條件和場景也十分的苛刻。具體玩家可以詳細的閲讀説明。
舊礦區沒有地圖顯示，但是整個路途卻是非常的簡單，完全就是一條路走到死，沒有任何複雜的岔路和迷宮系統。玩家只需一路前行到和開頭一樣的兩個大礦門處即可基本確定來到最下層的BOSS戰鬥區域。之後則是BOSS戰鬥。四人被突然而來襲擊的魔獸困住，而突然出現的蘭迪解封了大家的結界；並且與大家攜手同BOSS決戰。
這個BOSS算是非常難對付的，因為其具有秒殺的羣體性技能。所以玩家的站位一定要各自分散開來，避免遭受其強大的羣體秒殺。這裏建議艾利在後面補給而羅伊德則突前作為肉盾吸引BOSS的火力，其餘則保持遠距離的攻擊，BOSS的戰鬥屬性帶有可怕的封印和麻痺效果，建議玩家裝備免疫上述屬性的裝備以求人物的存活。而之前的爆靈系統，各位玩家一定要多多使用。
擊退BOSS眾人得以逃離舊礦區，而此時總部也調查完畢之前紅髮叔叔的來歷；原來是神祕的深紅商會，而蘭迪也根據這些信息向眾人敍述他調查一部分關於深紅商會活動的信息，半途可以自動進行劇情，神祕的少年和博士正開啟他們神祕的計劃。
來到市區，下車蘭迪則跑到后街中部的商會進行自動劇情。眾人跟上才得知深紅商會首領的真正身份---原來是蘭迪的叔父和堂妹，也是蘭迪所謂最強的戰鬼，至此第一章結束。
第二章 西塞姆里亞通商會議
其實整個第二章就一個主線，那就是應對通商會議的支援請求。其餘的都是為了推進主線任務而附加的任務劇情而已。克洛斯貝爾作為兩大勢力的夾層，實際上政治和經濟地位一直處於非常尷尬的境地；而之前發生的DG教團的混亂事件更是加深了兩大勢力對於該區域的爭奪。不管如何，這次會議其深層的目的也是為了討論魔都最終的命運。而兩大勢力背後操控的黑月和赤色商團也蠢蠢欲動。
整個第二章分為三個階段，也實際上就是遊戲中的三天時間。在第一階段，玩家務必要整理好所有的裝備以及迴路的升級，以保證後面的戰鬥順利。
參加警備隊的演習
來到西邊的唐古拉姆門，來到左邊門二層右部的指揮辦公室，開始本主線。這個任務很簡單，三次戰鬥。每次戰鬥要求不同，第一次禁用魔法，第二次禁用戰技；第三次則是副司令BOSS親自上陣。
新教授的委託。
來到南部的醫學院，同羅伊德的姐姐細聊之後；從一層的醫療辦公室內部的電梯來到三層，之後一路前行到最高層平台來到四層。
同教授對話接受回收問診表的任務，分別前往舊街區東部的幫派門口，劇場後台右邊道具點的NPC處；以及西邊要塞門內食堂靠近出口的守衞處回收，交給女教授即可，之後教授會將之前真知的詳細內容敍述給眾人；並且希望大家進行進一步的探索。
調查塔內的古文書。
星見之塔解禁，因而圖書館的館長邁爾斯希望大家能夠去搜集殘餘的書籍。
之後從伍爾斯拉間道來到星見之塔，眾人在第三層發現居然所有的書都消失了，而頂層也僅有幾本書，之後取得殘餘的書籍自動返回圖書館即可結束本支線。
阿爾魔利卡古道的通緝魔獸。
從東邊出口乘坐拜師來到三岔路站台，之後往北前進經過到第二個場景即可在路邊發現目標魔獸。
打敗魔獸可以學習到新的組合戰技，諾艾爾和瓦吉的專屬。
完成所有任務之後，自動收到消息；來到東部街區的遊擊士工會，同亞里歐斯毀滅交換情報；得知黑月和赤色商會幕後的支持後台以及未來會議的狀況。而眾人決定靜觀其變在進行下一步的具體行動。
之後眾人回到調查科發現謝莉早已等候多時，羅伊德和瓦哈不放心蘭迪一人前往赤色商會總部陪同前往。之後蘭迪的叔父在回答調查科的疑問之後，道明瞭實際意圖，那就是讓蘭迪恢復鬥神的身份，從而統領赤色家族。而蘭迪卻不願意提起過去的往事，眾人不歡而散。
之後結束第一階段的任務。
而此時在地下，之前神祕金髮少年則侵入蘭芳塔的系統，準備其祕密的計劃。
第二階段也是具體推進主線的多餘類任務，首先是尋找小貓的委託，來到東街之前調查具體問卷的庫雷優家族；對話得知其女兒心愛的小貓丟失了。首先來到東街下層的魚販出詢問，但是卻得知毫無蹤跡。之後謝莉出現，提示大家貓兒可能回到其初始的住宅去了。
然後大家來到住宅區左邊第一個住宅，紈絝子弟的豪宅（之前玩家也肯定來過）；這幾人居然提出過分的要求來威脅大家，在謝莉的武力攻擊下這些子弟屈服並且告知貓兒已經逃走。
之後出門大家發現貓的蹤跡，合圍之下眾人將其趕入了劇院。
剩下就是大家在劇院裏面跑路合力抓住了小貓，這裏李霞和謝莉最後合理救出了危險中的小貓。而李霞和謝莉也在彼此的身手之中得知互相的身份。
救出小貓回到調查科之後，吃過琪雅做的午飯，大家在門外得知有人約定在空港相見，有事相求。
一行人從東部入口北部來到空港，同科洛帝雅公主對話得知最終恐怖分子的可能性以及對於會議安全的擔憂，希望能夠得到支援科的協助。而眾人也進一步瞭解共和國和帝國內部的諸多矛盾。
之後回到支援科總部，得知有人侵入了終端系統；需要大家前往地下追蹤其痕跡。
之後來到住宅區下層的下層水道B區，開始任務。這裏的地圖很簡單，基本是一條道路。迷宮完全沒有任何複雜的地形。乘着升降梯往下之後，連續打開兩個水閥即可來到最後的終端黑客室。
之後則是一場BOSS戰鬥，由於被圍攻，請各位玩家帶上防止冰凍的配件。
來到黑客控制室，沒想到這裏的傢伙居然設下陷阱，只有玩家同他玩波波碰，贏得兩局才能放過眾人。但是實際玩家只需贏得第一局，之後緹雅會趕來支援幫助你贏得第二局。
之後銀和緹雅出現；原來是在銀的幫助下，緹雅才及時趕來追及到眾人並且解救大家。而銀也再次消失，或許大家都無法想到之前的李雅就是銀--黑月的第一刺客。
之後最後一個階段，挖掘需要進入蘭芳塔來完成第二章的最後支援任務。注意進入該塔之後無法進行任何的裝備和道具調整，請徹底升級完畢保證後面的戰鬥。
之後在魔都市長的指引下餐館核心的34到36層，然後各自分開將34到36所有可以對話的NPC對話一遍。直到回到樓梯出現大家商量表示調查完畢的劇情。
之後按照達德里的指示分別會見共和國和帝國的代表，完成具體的拜訪。
而之後發生劇情，恐怖分子居然乘坐飛艇企圖剿滅所有的會議首領，而幸好強大的防彈玻璃阻止了這一切。而在緹雅的幫助下，也暫時阻止黑客對於蘭芳塔的全面控制，眾多保衞分兵將恐怖分子逐個擊破。
羅伊德一行人也來到樓下追擊逃跑的恐怖分子。地下D區的地圖看起來很複雜，其實也是一條支線。玩家分別乘坐兩次電梯往下，即可來到最終的BOSS作戰區域。
第一場BOSS戰鬥很簡單，8個恐怖分子。基本沒有太大的難度，建議多使用戰技即可順利剿滅這些傢伙。而且建議速戰速決，否則敵人會自身強化從而增加戰鬥的苦難。
第二的裝甲車的弱點在於它會對於各種屬性削弱極其有效，建議各位玩家多使用降低魔法防禦之類的魔法技能來摧毀其本身的基礎屬性，並且保持一定的距離，該BOSS往往會在自身區域內進行小範圍自爆殺傷玩家。掌握好這些其實這個BOSS的難度也頂多就是血多而已。
之後眾人繼續前行，看到赤色商會屠殺恐怖分子的殘忍情景；而另一邊黑月商會則憑藉治外法權而將恐怖分子從達德里和風神手下帶走。
而經過了如此多的情景，此時的魔都市長卻宣佈一個令所有人震驚的消息：克洛斯貝爾正式獨立。
間章 短暫的休息
由於克羅斯貝爾的獨立，使得羅伊德和隊員各自心懷不安；而大家也乘坐遊輪在瑪麗亞MM的安排下前往南端的療養地調整心境；或許這正是暴風雨來臨之前的預兆。
之後來到酒店，進入右下部分的沙灘進行沙灘的遊戲部分。同各個區域的同伴對話進行相關的遊戲培養好感度即可，結束所有的對話來到上層的冷飲店購買飲料結束本遊戲階段。
之後回到酒店，發現琪雅不見了；羅伊德來到西部別墅區北部的賓館前找到了琪雅的蹤跡。
之後第二天眾人來到東部的主題公園遊玩，完成五張票的遊玩消耗。
之後來到晚上，好感度較高的同伴會邀請你去珠寶店一敍；然後前往別墅區北部的賓館進行午餐來完成該階段的最後一部分場景。
之後深夜麗霞獨自深思，羅伊德與麗霞相聊並且互相交換了友誼，之後半夜眾人被魔人的夢驚醒並且發現琪雅不見了；來到之前主題公園；發現這裏居然變成了小丑的公園；並且遇到了之前入侵蘭花塔的黑客 噬身之蛇的執行者小丑。
之後就是與兩個BOSS的戰鬥。兩個BOSS戰鬥沒有太高的傷害，但是兩個一個是物理攻擊免疫一個是魔法攻擊免疫。而且物理攻擊免疫的BOSS經常會釋放羣體殺傷攻擊，所以建議先攻擊物理免疫的怪物。
之後再在鏡城堡門前找到了琪雅，眾人也放心下來回歸，之後大家離開療養地回到魔都繼續征途。
第三章 胎動眾獸的狂歡節
休假之後大家帶着不安返回了調查科，之後在警察總部的會議上，遊擊士和協會收到魔都防衞軍調查幻獸的請求，並且進一步追究最近魔都區域異動。而支援科則前往調查發現蹤跡的兩隻幻獸的具體狀況。
兩個幻獸的位置都比較好找難度也不是很大，玩家都可以乘坐巴士來到巴士站點進入到該區域。第一個魔獸在東部租船小屋的後層。首先遇到的是觸手税制幻獸。該BOSS的對付辦法只有全程使用魔法反射的技能。避免其釋放的幻術全體迷幻隊友，其他別無它法。
另一個則是烏爾斯拉間道附近，乘坐巴士來到河灘附近的站點，沿着河灘的缺口一直往下即可遇到幻獸。
而該幻獸的屬性極其強，比較好的辦法仍然是使用魔法反射。不過裝備高屬性的魔防也是不錯的選擇，但是風險也比較大。
之後眾人在兩個怪物消失的地方都發現了這種奇怪的藍花，而眾人也決定從此下手調查幻獸的根源。在瓦吉的提示下，大家來到北部的教堂來查找具體的線索。
來到教堂，大主教見到此花極為震驚，而且拒絕透露任何的信息。之後潛伏的騎士團間諜麗絲暗中告訴眾人一個驚人的事實，這種蘭花居然就是真知的製作原料，而藍花的出現則是代表一種可怕的吉兆和預兆。
之後大家決定前往人偶工坊去繼續打聽有關的消息以及結社的線索。來到人偶工坊同最下層的老頭三次對話問答即可結束該部分，從約魯古老人口中大家進一步得知結社的詳細信息和意圖。
從人偶工坊離開，大家接到警局的調查消息。西部的街道出現一次嚴重的列車事故。驅車來到該區域，步行來到下層的列車事故區域。首先同列車員對話，之後分別調查列車頭和兩側的三處痕跡發現其中的怪異。
之後聽到遠處奇怪的魔物吼叫聲音，眾人於是順着蹤跡來到之前諾森德森林下部深處的繩子下方探索。
森林深處的路途很簡單，基本上都是一條路到頭。玩家注意第二層往西邊的出口才是BOSS區域。
之後大家遇到之前的瓦魯多，只不過他已經徹底魔化成魔人狀態。這場戰鬥玩家可任意進行，BOSS血量被消滅三分之一或者隊伍全滅都可自動進行劇情。之後趕來的支援部隊救出了大家，而瓦魯多則逃離，事故的調查也算徹底結束。
之後回到支援科，第二日通過遊擊士協會米歇爾的消息得知；其他調查三個幻獸出沒點的遊擊士MM居然無法練習，於是眾人不得不繼續彈射這些人的下落。之後大家前往遊擊士協會對話得知進一步的信息，然後來到IBC總部同教授對話；將探測器帶到蘭花塔頂層放大信號，得知這些人居然在南部的濕地。
之後一行人乘坐船來到濕地，居然發現黑月商會的銀居然也過來調查，在她的協助下眾人救出了兩個被困住的MM。
而來到深處，眾人終於見到結社三柱體的實體。冒出的奇美拉則暫時堵住了大家前進的道路。這場戰鬥建議各位玩家裝備高閃避的裝備和魔法屬性來躲避BOSS的羣體殺傷技能，而全員務必保持HP在3000以上避免被秒殺。
之後在三柱體的圍攻下，銀的面具被摘下；其真實身份也暴露；而三柱也由於自己目的已經達到而暫時離開，大家也只好退回支援科。
之後則是劇情，赤色商團居然消失的無影無蹤。而這些傢伙居然趁機對於北部的瑪因茲礦區附近開始大規模的突襲，並且給與整個魔都的防衞部隊極大的損傷。
得知這一切狀況的諸位決定第二天前往北部去支援，而蘭迪卻在半夜不聲不響的離開了大家決意獨自面對赤色商團的作亂。臨走之前，瓦吉與蘭迪寒暄數語。
之後大家第二天發現蘭迪離去，不得不先去尋找他的路途，分別前往舊城區的黑店，改造工坊以及歡樂街賭場上層的酒保處對話，蒐集完全蘭迪的蹤跡。
之後自動劇情，大家來到中央廣場百貨店上層同曹對話，得知蘭迪正在前往瑪因茲山區。
證實了大家的判斷，來到北部的巴士站點，順着繩索往下進入舊礦山的小道入口。該地圖則是一條路走到頭，沒有多於分叉而且全程無光亮。
之後來到礦山外，發現蘭迪此時瘋狂的與赤色軍團對戰；而及時趕來的大家幫助蘭迪從謝莉手下躲避其致命的攻擊。
之後則是BOSS戰鬥與謝莉的決戰。這個傢伙可以算是目前章節最難對付的BOSS，唯一有效對付該BOSS的辦法是大量使用減緩行動力和攻擊速度的技能來使其頻繁釋放大範圍殺傷攻擊，其餘別無他發。玩家如果在時間限制內存活即可成功自動進行劇情結束本任務。
之後大家成功擊退赤色軍團，解救了瑪因茲的困境；而此時大家卻發現此時的魔都陷入了一片火海
第四章 命運未卜的克洛斯貝爾
此時的一個小時前，赤色兵團卻大舉反而襲擊克洛斯貝爾；由於防衞部隊全部北上，城內幾乎沒有任何的防備；全部市區陷入了一片血雨腥風之中。
大家迅速返回，由於其他城區的局勢暫時穩定，大家於是先前往IBC總部救援；但是這裏蘭迪的叔父卻擋住了去路。之後抵擋住五分鐘BOSS的進攻即可完全該劇情。如果想要幾倍BOSS的話，玩家需要一方面減緩BOSS的攻速並且完全使用魔法攻擊來傷害敵人。而BOSS的最恐怖地方就是可以極大的提升自己的STR並且產生高達萬餘的傷害值。
之後劇情，經受豪傑的克洛斯貝爾進行緩慢的重建工作，而此時的魔都市長也以此對於國外的諸多勢力大加指責，並且凍結相關的資金。克魯斯貝爾周圍的局勢變得愈發緊張。此時大家決定先前往南部的醫院看望受傷的同伴，逐步來到301 302 303對話完畢可繼續推進劇情
之後從醫院離開，收到約納的委託；大家需要協助他前往燈塔下的C區進行那裏的終端操控
C區也是一條道到頭，沒有實際複雜的地方。注意戰鬥中保護約納不要被殺死即可，沿途不停乘坐電梯往下。
拉帶盡頭則是與機械衞兵的BOSS戰鬥。這個傢伙還是純正的物理防禦高，但是具有強大的自爆秒殺技能。建議玩家保持遠距離的魔法攻擊。
之後自動返回支援科總部，一覺醒來；大家得知居然迪塔市長宣佈了克洛斯貝爾的獨立。即將面臨的未來愈發的迷惑。而之前的風之劍聖居然成為了新的獨立王國的國防長官……
驚異的眾人不知道其中的緣由，先來到東部街區的遊擊士行會了解具體的信息。
之後收到神祕人的電話來到赤色商團總部的內部，與雷克特會面，從他的口中大家終於猜測到最終的真相——赤色商會與帝國契約的結束，之後的作亂以及種種的事件得益者，使得大家開始覺得這是迪塔的操控。
而結社的異常的也讓大家覺得結社和迪塔莫名的交易。
之後大家得知亞里歐斯居然把琪雅帶走了，眾人沿着線索來到南部的卡修亞斯度假地；
而途中約納對於城下奇異巨大網絡的的敍述也讓大家進一步確定迪塔才是這一切幕後的黑手。
之後大家來到賓館，休整之後前往主題公園；重複進行三次強制的幻獸戰鬥（而具體對付的還是第三章之初開始消滅的三個魔獸），戰法還是相同
來到主題公園中部鏡公園，從側面進入最上層鏡子內部可以開始本章節的最後BOSS戰鬥。
之後瑪麗亞向眾人敍述了整個事件的來龍去脈。其家族為來創造新的神器而構造了式並且利用前作的DG教團進行神的召喚，而琪雅作為召喚神的代體，即將幻化成為抵擋入侵的兩大帝國部隊的利器。
之後則是與亞里歐斯的對決，這場戰鬥無論勝利還是失敗都不會影響最後的劇情。玩家可以熟悉與該BOSS的作戰技巧
之後則是劇情眾人無法抵擋風之劍聖的攻擊而被擊倒，琪雅操控巨大的魔都所構造的式，操控三個神兵裝甲徹底打垮了入侵的所有部隊。
之後諾艾爾少尉將所有的人逮捕入牢，第四章結束。
斷章 跨越虛幻的樂土
之後羅伊德深陷困境，卻無力求援。而此時的克洛斯貝爾憑藉強大的神機甲不僅僅徹底擊退了兩大帝國的侵襲，並且逐步在整個世界建立自己的權威。
而在獄中，得知羅伊德狀況的之前魯巴幫的加爾希亞則願意協助他逃出牢房，之後則是兩人的聯合作戰，由於羅伊德沒有任何的裝備只能使用戰技不能使用魔法，所以全程還是注意讓老加作為前鋒戰鬥。
來到最下層解除機關旁邊的箱子可以拿取你剩餘的所有裝備。
之後加爾西亞暫時幫助羅伊德擋住了追兵但是在森林深處還是被圍困，而神狼蔡特則及時趕來救出了羅伊德。
之後蔡特將所有的內幕全盤托出，也解釋了琪雅的真正使命；羅伊德也決定下決心救出琪雅。
來到城外，瓦吉揭露了自己的真實身份，之後凱文和麗絲也表達敍述的想法。在騎士團的幫助下，羅伊德和瓦吉潛入到克洛斯貝爾進行最後的決戰。
終章 即使如此，我們也。。。。。
在飛船上可以進行補給和裝備的休整，這也是最後一次徹底的人物屬性調整；各位玩家請注意使用。
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