畫面破碎，謝伊在數據的海洋中靜止着。耳邊響起女子的聲音，嗔怪你到底做了什麼，引起病毒的發作。
睜眼回到現代世界，身穿棕色皮夾克的黑妹説你剛才在Animus裏邊（玩過本系列的玩家並不陌生，這種終端機可以透過基因來追溯祖先的記憶）。現代中的主角是Abstergo Entertainment的職員，剛剛用終端機來體驗謝伊的基因記憶。
黑妹解釋説，剛才觸發了某種病毒，使得謝伊的基因庫出現狀況，她要找主角的上司梅拉妮·樂梅彙報。拿着平板電腦跟着黑妹走，平板上顯示當前目標的方向和距離，以及互動按鍵提示，相當於導航儀。
見過上司樂梅小/姐，也知道黑妹的名字叫維雷奧·達柯斯塔，她和奧托·柏格都是外聘的項目承包商。
樂梅讓主角按維雷奧的吩咐去做，於是前往機房清除病毒程序。這個小遊戲很簡單，正中的球體分三個區域，每個圓環上有條光線，按LB或RB來切換圓環，將三條光線分別投射到三個不同的區域上去。
病毒清理完成！
在數據庫中還找到“伯格的啟示”，裏面説阿爾·慕瓦林被刺客組織譽為偉大的導師，實際是一個貪婪而腐化的人，他和聖殿騎士處心積慮的要奪取伊甸的蘋果，還利用最好的刺客阿泰爾來剷除共犯，將蘋果據為己有。
儘管他不是聖殿騎士，但他的和平願景更加符合聖殿騎士的理念。在過去，雙方曾有過共同的目標，那就是和平，唯一的差別是如何去實現。
如果慕瓦林不被阿泰爾殺死的話，那麼刺客兄弟會和聖殿騎士就不會如此對立了。雙方的鬥爭激烈化，正是在阿泰爾以“自由意志”的全新理想改革兄弟會之後開始。
回到辦公室，利用終端機繼續探索謝伊的記憶。
趣味遊戲館
