第七章：克朗
劇情：四兄弟來到了克朗大本營的高層，因此需要四人行動更加迅捷。Leo和Raph的口吻越來越像老鼠師傅，這讓Mike有些抓狂，而且Mike還懷疑這裏會藏着一些病態遊戲在這裏。
step1.在1樓，先用苦無摧毀左右兩側的監視器。
中樞環繞着有毒的水，一旦觸碰到液體，烏龜們會暫時變為喪屍，這時候需要不斷搖動左搖桿，或者是讓同伴救援才會擺脱這個負面狀態。
隨後鯊魚人就會登場，鯊魚人會使用類似Raph的空中爆炸，其擺尾攻擊速度很快，同上難以判斷其出招的時機。
另外四周的管道以及地板的管道會不時會噴出毒液水柱。
看似鯊魚人攻守兼備，但是當其跳入水中游泳或者在陸地水柱擊中後，他會在地板上癱瘓一會兒，這時候就是你進攻的最好時機。
要令到鯊魚人百分百被水柱擊中，你需要使用障礙這招忍術，因為障礙一旦釋放，就會把鯊魚人推開，趁水柱出現前就發動，肯定能讓水柱擊中鯊魚人。
step2.擊敗鯊魚人之後，在出口大門右側的罐子旁能夠拿到一份漫畫。
接着搭乘電梯，這次乘坐電梯不會遇到敵人。
step3.進入到走廊內，同樣用苦無摧毀附近的監控，然後去到右側可以發現一道隱藏門，打開可以進入一個神祕房間內對付多隻巖石人。
然後從窟窿返回到走廊上。
step4.進入到第二個大廳，在這裏要再次面對温納特。
這場戰鬥温納特不會乘坐飛船，自帶四門浮游炮，飛行攻擊以及四方激光是他最常見的伎倆。
當其血量跌至5時，他所釋放的多把苦無會帶有追蹤效果以及最恐怖的旋風（旋轉時間接近半分鐘）。
對付温納特主要是他經常飛行，那麼就只好作空戰，對於烏龜們來説相當困難，而且他招式多變，是最難打的對手。戰勝他最好的辦法就是四隻龜都裝備上烏龜時間，在温納特第二階段時輪流釋放，能夠有限度地限制他飛行。
step5.戰勝温納特之後，在大廳入口上方可以拿到一份漫畫。
然後進入到另一個大廳中，在這裏要面對野豬人。
第一階段會使用電鋸三連砍，當發現其電鋸發出光亮時，就不要靠近，待其揮舞結束後，才上前攻擊。
投擲炸彈，在第一階段只會投擲在一層的地面，這時候你可以去到二層躲避，或者是不停跳躍並使用滑翔躲避爆炸。可是第二階段，野豬人會將炸彈投擲到二樓，那麼你就需要找出空檔位置來躲避。
野豬人進入第二階段的標誌性動作就是會使用機槍掃射，他的掃射是帶追蹤性的，你可以選擇金庫內一二層的落差位置來躲避，也就是去到野豬人的上方或下方，這是機槍的死角。
往往只有等到野豬人的招式停歇後，你才有最好的攻擊機會。
step6.擊敗野豬人之後，進入到61樓的走廊同樣需要用苦無摧毀周圍的監視器。
進入到大廳時，發現中央有四條帶電的柱子，在這裏要對付凱拉，切忌不要碰到這些電柱，否則會遭到麻痺。
凱拉的招式很花哨，但都很容易辨清，衝斬、揮斬很容易就能躲開，但她的招式一旦被擊中烏龜們就會產生嚴重的硬直。需要提防的是凱拉的劍擋，她的劍擋能夠抵禦重攻擊，一旦被其劍彈開，同樣會受到硬直傷害。
另外凱拉一旦被打掉一排血，就會跳到橫樑上躲避，並且會派出強勁的紅頭忍者來對付忍者神龜，以及會放出紅色旋風在四周肆虐。凱拉不會在小兵被擊退才再次登場，她時間一到就會下來，因此需要儘快除掉所有的紅頭忍者。
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