首先解釋下在《尼爾・機械紀元》中登場的名詞。由於資料集還未發售，[]內為猜測。
人類
在這裏指的人類，意指擁有靈魂與肉身的人。
由於2003年的白鹽化症候羣，人類走向了不可挽回的毀滅。為了對抗白鹽化症候羣，人類的對策是實施《靈魂體計劃》，進入沉睡等待世界被淨化的一天。但是由於在NR中所發生的事情，靈魂體計劃完全失敗。以至於到4200年為止，人類徹底滅絕。在《尼爾・機械紀元》中雖然稱人類逃亡了月球，但事實那是人造人為了掩蓋人類滅絕的真相做的事後掩蓋。
所以，在整個系列中大致可分為三種情況存在：其一為沒有長病的普通人類;其二為通過吃藥抵抗白鹽化症候羣的人;其三通過靈魂體計劃，最後又回到肉身的人。其他人類要麼兇暴化，要麼白鹽化，要麼變為靈魂體後失去自我崩壞化。
白鹽化症候羣
所有事件的元兇。如果感染，就會發生全身白鹽化而死亡，死亡率高達100%。源頭來自2003年插於東京鐵塔上紅龍屍體的魔素。實際魔素是神的詛咒，如果感染就會強制與神締結“將人類滅亡”的契約，如果不順從契約就會發生白鹽化症候羣。
兇暴化人類
如果感染白鹽化症候羣而且順從神的契約，就會變為兇暴化人類。其中擁有領導機能的特殊個體被稱為紅眼。
人類與兇暴化人類的戰鬥在3287年由人類一側完全勝利。
靈魂體計劃
始於2014年的拯救人類的計劃。
為了抵抗從死亡率100%的白鹽化症候羣，將人類靈魂與肉體分離，讓靈魂體進入沉睡之中，等待數千年之後世界沒有白鹽化症候羣的時候再醒來。同時為了延續肉體，創建了複製體系統來製造複製體，複製體是與靈魂體一對一呼應，擁有靈魂體完整遺傳信息的肉體，只是沒有生殖能力，就算死亡也可以被再次合成出來。負責監視複製體的就是提波兒與波波兒雙子人造人。
靈魂體計劃的最終階段是通過使用“黑之書”與“白之書”融合而產生的巨大能量，從而使靈魂體強制返回複製體之中。但是由於尼爾(復)的阻擾，兩本書都被消滅，靈魂體計劃也就隨之失敗。
次時代保存計劃準備委員會
隨着3361年原種靈魂體的消失，靈魂體們的崩壞在不停加速。雖然頭體的記錄化與DNA採取也在進行，但是完全沒有進展。
靈魂體計劃的替代品的對策與開發都被移交給了“次時代保存計劃準備委員會”，同時，包括靈魂體計劃與靈魂體委員會與新型人造人的開發計劃也都被同時移交。
白之書，黑之書
將靈魂體灌入書一樣的容器，從而製造的總計13本書的系統。通過啟動白之書與黑之書，強制讓靈魂體迴歸複製體的計劃被稱為“黑之書計劃”，白之書作為黑之書的啟動確認，而白之書需要“封印的章節”來啟動。
魔法
利用魔素，可以無中生有的技術，使用者必須是擁有紅龍屍體的培養組織的靈魂體。
多元世界
從紅龍屍體的研究確認的多元世界，魔素，魔法，白之書，黑之書，靈魂體化技術，都是圍繞此產生。
靈魂體
為了逃避白鹽化症候羣，將人類的靈魂從肉體中抽出，其形態被稱為靈魂體。大多數的靈魂體都被存放於稱為“石之神殿”的地方。
靈魂體照射到陽光也會自然消失。
崩壞體
靈魂體在一定時間之後很容易變為崩壞體。崩壞體再經過一定時間就會死亡。為了防止死亡，只有從原種靈魂體中抽取魔素加以補充。崩壞體的原因複製體的擴張與靈魂體的不穩定，複製體反過來影響靈魂體也是靈魂體計劃始料不及的。
黑文病
靈魂體變為崩壞體時候，對應的複製體身上浮現的黑色文字從而導致複製體死亡。
原種靈魂體
變為靈魂體後也不會失去自我變的崩壞的穩定個體。在NR中只有尼爾(靈)一人如此。
由於尼爾(靈)的死亡，人類的滅亡不可避免。
尤露哈計劃
4200年人類滅亡後，人類的遺傳基因信息保存在了月球，隨後人類已經滅亡的傳聞在人造人之間傳播。作為人造人的創造主人類如同神一般的存在，人造人也是為了守護人類而存在，失去人類的人造人如同失去的生存價值一般後果不堪想象。為了事後掩蓋這一真相，就是尤露哈計劃的真正目的。
尤露哈計劃分為三級保密措施：對一般人和尤露哈士兵來説，尤露哈計劃是打倒外星人與機械生命體代替月球上的人類搶回地球。對尤露哈司令官以及自己發現真相的9S來説知道一部分的真相，月球上的人類其實並不存在，偽裝月球上有人類，讓人造人相信人類都在月球上，整個尤露哈計劃僅僅是為了鼓勵人造人士氣，塑造人造人生存下去的目標。而尤露哈真實計劃目的也確實包含了司令官與9S知道的那一部分，只不過還多了一部分：最終目標連尤露哈自身都要拋棄，抹掉一切，只剩下月球上有人類這一謊言。
作為尤露哈的最終階段，尤露哈部隊的衞星基地會打開系統後門，任由機械生命體網絡攻擊，從而消滅一切。
人造人
最初作為管理複製投系統與監視複製體而被創造出來的人工生命。在NR中是舊東京管理區域的提波兒與波波兒，此時的雙子姐妹還是擁有與人類接近的血肉之軀，但是在《尼爾・機械紀元》的型號則為完全的機械之軀，但兩者相同的都是擁有AI人工智慧。
基本為外表是人工皮膚，裏面是機械，搭載AI人工智慧，擁有獨自的意識卻被禁止擁有感情的存在。在人類滅絕之後，人造人主要摸索復活人類的方法以及與外星人戰鬥。
尤露哈型人造人
《尼爾・機械紀元》中出現的機型，軀體與一般人造人相同，但是核心不是AI人工智慧，而是黑盒子，其實質為機械生命體的核心。如此構造的原因在於，尤露哈計劃的最終階段是捨棄所有相關機體，所以採用AI人工智慧有違人道。
黑盒子
尤露哈型人造人的核心，實為機械生命體核心的改造物，所以尤露哈型人造人與機械生命體可以説是同一物種。
尤露哈A2與E型
A2是作為尤露哈第一次降下作戰的實驗機體，雖然模擬測試階段成績平平，但是最終卻是唯一生存的機體。經過分析發現A2的個人資料在極限狀況下極為優秀。把A2的個人資料安裝在E型體內也是計劃之中的事。
機械生命體
被從宇宙來襲的外星人創造的擁有生命的機械。因為過度自我進化，反而將創造主外星人毀滅。
雖然擁有共同的網絡，但也有主動切斷與網絡連接，而實現各自目標的特殊個體。
機械生命體的核心
機械生命體的核心擁有接近植物細胞一樣的構造。[猜測是保有人類靈魂的籠子，原種靈魂體崩壞後的救濟措施]
N2
從崩壞後的塔中收集的資料中發現了許多關於機械生命體與外星人的資料，其中就有機械生命體網絡，以及指揮機械生命體網絡的存在，代號N2，俗稱“紅色少女”。
機械生命體的目的是“打倒敵人”，為了這一目標而“敵人必須存在”，為了維持這一目標，當前的敵人人造人不能被打倒，這就充滿了矛盾。因為這個矛盾的存在，機械生命體的網絡出現了錯誤，而機械生命體發生了多樣性進化。
另一方面，為了修復這個錯誤，機械生命體網絡從周圍讀取信息以反覆糾正，結果是變為了新的網絡。在這個新的網絡最終形成的階段，讀取了保存在量子服務器中某個人的記錄作為核心。這個量子服務器作為靈魂體計劃有關服務器，保存着想當重要人物的記錄，但是關於其名字之類的記錄現在無法核實。獲得了此人物信息的新的機械生命體網絡自稱為N2。
外星人
5012年由宇宙突然攻擊地球的外星生物。《尼爾・機械紀元》中的伊娃稱之為構造像植物一樣簡單的生物。而根據機械生命體110-B的記錄，外星人確實來自外星，只是為了佔領一個個星球，目的非常單純，之間也相當團結。
創造了服從自己的兵器機械生命體，卻反被消滅。
塔
機械生命體網絡N2所製作的巨大白色建築物。擁有256層，可以回收機械生命體與人造人作為可利用資源。其目標是收集信息，回收資源，將月球上的人類的服務器消滅，將人造人的衞星基地摧毀。但是最終因為N2改變目的，而變為射向宇宙的方舟。
神樹
NR中存在於神話森林之中的巨樹。通過“語言”支配神話森林中居民的意識。
根據NR設定集中所説，其真正的面目是由魔素作為動力而運行的巨大網絡的終端。由於長期的積累人類的記憶而獲得自我。
本來是作為靈魂體計劃萬一失敗用來消滅複製體的東西，但是因為獲得了自我意識，獨斷“世界就該自我終結”這樣的結論。
最終經由安妮之手破壞，和塔在一定程度上類似。
機械人
在NR中就有登場的雙足機械人，由被稱為“機械人山”的廢工廠生產。機械人是神樹作為靈魂體計劃失敗後，消滅複製人而開發。
機械人形
從神樹出生，由鐵和植物等原料構成，與人類同樣構造。在資料集中當安妮與神樹對峙時候，神樹複製了安妮並襲擊安妮。
假面之街
在NR中有所登場，位於沙漠的王族之街。穿着獨特的假面，遵守數以千萬的“規定”是其文化特徵。
《尼爾・機械紀元》無論是支線任務“沙之遺產”還是特殊道具石板，都指明瞭兩者是同一處。
東京
NR的故事發生在東京，《尼爾・機械紀元》也發生在東京，在廢墟都市某輛車旁邊可以發現一張東京的超速罰單，肇事者是製作人齊藤陽介。商業設施的廣告紙也指明瞭這就是曾經的東京商場。同樣水沒都市也能發現《名古屋日報》。
安可兒
《尼爾・機械紀元》中是安可兒武器店的廣告單，創業者是安可兒無誤。
安可兒作為哈默爾恩機關的多元世界觀測者，在本遊戲中並沒有登場。
尤娜
作為靈魂體的尤娜，在NR最終結局發生之前的治療記錄。
哈默爾恩/世界淨化機關
本作中並沒有直接登場，但是可以隱隱感覺到存在。在《尼爾・機械紀元》中“機械生命體研究報告書”的最後，報告者嘉卡斯所咒罵的對象就為“製作尤露哈計劃的混蛋們”。
原種靈魂體的管理、崩壞體尤娜的凍結，都是由哈默爾恩負責。提波兒與波波兒的處罰與處理也是由此勢力確定與執行。
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