故事界面
劇情章節與戰鬥章節，可以從篇章看板選擇篇章，在選擇接下來想玩的章節。
章節有從劇情影片開始的劇情章節，和以戰鬥開始的戰鬥章節。
另外，當篇章分歧成兩條路線時，需將兩條路線都過關才算完成該章。
已通關的章節及戰鬥也能再度遊玩。
戰鬥章節的圖示代表，褐色感歎號→頭目戰（BOSS戰）、綠色手裏劍→自由對戰、藍色羣眾→羣體戰、紫色手裏劍→戲劇性戰鬥。
戲劇性戰鬥，是自由對戰與I·A互相組合的特殊戰鬥。
選擇人物界面
選擇作戰者以及同伴（如果是單打模式則無需選擇同伴），一般可以選擇兩人。而同伴的數量決定於各人在漫畫之中的實力，譬如戴面具的阿飛只能跟斑搭配，此時玩家加上同伴也只能是兩人。
選擇同伴最好選擇的就是在漫畫之中有牽絆的角色，譬如豬鹿蝶，他們會經常進行自動援護、自動輔助攻擊，而且還具備三人合體終極忍術，施展出來的威力更加強悍。
另外就是選擇作戰模式，作戰模式有三種：終極忍術模式、覺醒模式、傳動模式。
終極忍術模式能夠使用終極忍術;覺醒模式可以在血量跌至第二槓血時爆發;傳動模式主要是同伴援護、輔助攻擊、合體招式。
在普通戰鬥準備界面之中還可以進行物品欄的設置。
收集品界面
在此玩家可以查看目前已經獲得的珍稀收集品。
收集品包括“終極忍術”、“音樂”、“忍者信息卡片”、“冠軍頭銜”、“忍者信息邊框（背景）”、“替身術道具”、“附屬品”、“終極忍術動畫（回憶錄）”。終極忍術是回放各名施展終極忍術的視頻，只要使用每個角色發動終極奧義即可獲得;
音樂BGM，在進行各個遊戲模式，達到一定進程時就可以獲得這些值得收藏的BGM;
這裏的忍者信息卡，玩家可以自行編輯（頭銜、圖案、底色），相當於就是玩家在線上模式的頭像。這些忍者信息卡的圖案只能在線上模式中使用（展示）;
冠軍頭銜，瀏覽玩家目前獲得的“頭銜”，頭銜也是通過完成各個遊戲模式、達成一定的珍稀品收集量就能獲取;
忍者信息邊框（背景），在這裏查看玩家已經獲得的忍者信息邊框（背景），達到一定進程時就可以獲得它們;
替身術道具，每位角色有他特殊的替身術所使用的道具，如一樂拉麪的燈籠、波風水門的光球等;
附屬品是《火影忍者》動畫、漫畫當中出現過極具紀念價值的收集品，如九尾的封印符，只要完成一定的遊戲操作就能夠獲得;
終極忍術動畫，每當敵人剩餘少量HP時，玩家使用終極忍術一次性解決敵人，此時畫面就會彈出目前使用的角色的回憶動畫;
自訂角色界面
選擇自己喜歡的角色，在自訂角色界面中，可以對角色的替身道具以及奧義的終結特寫進行設定。
儲存了更改設定後的角色，便可在自由對戰或連線對戰當中使用！
另外，自訂用道具（收藏道具），可以在收藏模式或冒險模式內的萬事屋-萬代中獲得！
預設編制界面
事前登陸即可輕鬆選擇角色。在預設編制中，可以登陸自由對戰與連線對戰中喜歡的角色（隊伍），不論個人或小隊皆可進行登陸。
若於事前進行角色登陸，便不需在對戰前逐一選擇角色，能更流暢地發起對戰。
達成條件界面
在故事模式中，設有戰鬥時若達成特定任務條件便能獲得忍寶的條件。
選擇戰鬥章節後按下Y鍵，便能確認獎勵條件。
另外，在故事選擇頁面按下start鍵便能確認所持品列表。以所持品列表中想要的忍寶為目標吧。
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