遊戲的架構大體延續上一代的變形金剛遊戲。移動還是簡單的WSAD模式，F為切換變身，鼠標左右鍵則是攻擊和瞄準切換，R為裝彈
第一章則是從大黃蜂的視角開始，一行人駕駛方舟準備從黑洞前往另一個空間。而不甘失敗的威震天帶領手下追上了方舟並且進行了猛烈的襲擊
而之後你的任務就是協助大家抵抗威震天。第一關很簡單，算是基礎的教學關卡
現實移動鼠標完成調整視角的教學，然後按鼠標左鍵射擊駕駛室的幾個敵人之後。推進劇情，抵擋住駕駛室的襲擊之後，按E拿取能量源重新激活電梯系統
第一關整體流程不是太複雜。遊戲比較貼心的一點是，在每個階段過後，會提示你是否對於目前的鍵位設定感到適宜
消滅沿路的敵人，按鼠標滾輪可以切換目前裝備的武器。按F可以切換到變身模式，在變身模式下鼠標左鍵為攻擊右鍵為加速
來到最後的平台，大黃蜂為擎天柱擋住了威震天的巨炮攻擊。之後故事開始倒敍整個的劇情
由於多年塞伯坦的內戰，以及使得塞伯坦的內核嚴重崩潰，無法繼續生存下去。擎天柱故而決定帶着剩餘的博派建造方舟離開家園，去尋找新的世界
第二幕
同前作一樣，關卡之間是無縫連接的。玩家可以通過LOADING的畫面和劇情動畫的出現而判斷是否進入到下一章節
劇情由第一章開始倒敍整個故事。此時博派正在建造方舟，威震天帶領手下傾巢出動攻擊方舟，無奈之下，擎天柱只好一路前往保護方舟的路途。
由於威震天的突然襲擊以及長久塞伯坦內戰的消耗，博派一敗塗地。擎天柱一路幫助各個地區恢復能量攻擊，一路前往開啟整個防區炮塔的路途
第二幕也算比較基礎的遊戲教程。從這裏開始，玩家可以在每個關卡出現的地方，由殺死敵人而獲得的金錢進行武器和個人屬性的升級
每個遊戲可升級的部位都是固定的，其中被鎖住的升級點需要解鎖所有的可升級點之後才能解鎖。而且新出現的武器，玩家需要在商店進行購買之後才能在以後的遊戲商店中進行裝備使用
不過從實戰的角度而言，實際上每個節點玩家只需要找到恰當的站位以及武器配置就可以了。武器和屬性升級基本都是次要的，但是一些加護盾和血量的屬性升級是優先的
來到第一個作戰場景。先從左邊的平台饒下，襲擊敵人的後方，之後聯通正面進攻的大部隊一起剿滅這些敵人。
由於本作的設定，玩家切不可在沒有任何掩護或者友軍吸引火力的情況下擅自一人衝入敵人陣營，否則會死的很快。故玩家的作戰策略應該是讓友軍吸引火力，然後自己繞道敵人側面或者背面偷襲才能快速的達到消滅敵人的效果。
另一點，作戰之時要儘量站在高處，但是那些開闊無掩體的高平台則排除在外。
之後拉動開關，開啟炮塔。消滅兩大波衝上來的敵人。這裏可以先攻擊那些運輸飛機，可以省去不少力氣。
後面大部分的開關都是需要玩家先使用E互動，之後按S拉下
然後來到被困的指揮中心，此時你需要去附近的區域拿取備用能量體重新激活整個防區的系統。這裏也是讓玩家熟悉操作，後面大部分的門或者機關都需要玩家使用能量體激活開啟
後面的戰鬥沒有什麼太大的難度。該系列遊戲業沒有什麼岔路或者迷宮之類的場景，玩家只需按照地圖指示的方向前進即可。由於本場景大多數時間擎天柱是以一敵多，故多使用遠程瞄準的技能來攻擊成羣出現的敵人
來到下一個平台可以遇到霸王虎派最強的雜病，收割者。這個收割者唯一的弱點就是他背後的噴射器，也是唯一的有效傷害點；正面和側面對於她的傷害基本都無效。因而玩家的策略就是在他衝刺之後的僵直時間繞道背後集中攻擊她的噴射器。而且切記不可與此怪物近戰，否則會很容易死亡
注意下圖所示的能量柱。通過這些能量柱可以讓擎天柱跳躍到高台的區域，後面會出現很多類這樣的物體，而且很多是前行的必經途徑，玩家一定要留心。
本作也帶有一定的解密設定，不過在前面的幾個關卡設定的並不是很難
之後來到第二個下圖所示高台對付下層出現的裝甲坦克，這裏就是讓玩家熟悉一下各個人物的特殊技能。各個人物的特殊技能在解鎖之後可以通過相應的標註按鍵開啟，一般為Q或者F
這裏使用擎天柱的Q特殊技能召喚重火炮擊毀下層的兩個重型坦克即可打開前進的道路
前往方舟的路途到處是一片狼藉。博派在霸王虎的攻擊之下，慘敗。而身處絕望之時，一個神祕的聲音召喚者擎天柱。
本章節後面的路途不是太複雜，但是敵人眾多。這裏建議玩家以霰彈槍+火箭炮的配置前進
開啟防區的最終巨型炮塔，這裏消滅掉指定數額的坦克並且保證能源站不被摧毀。劇情進行，此時炮塔突然停止工作
來到炮塔的下層，擎天柱在這裏來到一個神祕的區域，啟動了猛大帥
第三幕
原來擎天柱在恢復整個方舟周圍系統的同時也啟動了猛大帥的最終激活系統。於是在這危急時刻擎天柱在猛大帥的幫助之下，決定摧毀攻擊方舟的三個巨型炮塔
之後兩人分兵前進，擎天柱急速衝到第一個炮塔的區域。而猛大帥則是一路邊剿滅敵人邊往目標衝擊。這裏就是讓玩家練習一下在變身為機器模式下的操作。左鍵是攻擊，右鍵一般為衝刺，Q或者F則是特殊技能（如加速）。如果有額外的武器，則可以通過鼠標滾輪切換武器。
在機器模式下，玩家按鼠標右鍵衝刺同樣可以殺死敵人
來到第一個炮塔出，按Q瞄準炮塔之後，再按SPACE即可召喚猛大帥幹掉這個炮塔。
這裏需要注意的是，遊戲的大部分場景都是需要徹底乾淨消滅整個區域的敵人才能繼續推進劇情的，而摧毀炮塔這個任務也是如此。因而如果劇情沒有推進的話，玩家可嘗試先清掃殘餘的敵人
之後的路途就很簡單了，還是沿着路途一路殺向第二個炮塔。先來到防禦據點防守住敵人的輪番進攻。注意這裏你可以按Q召喚猛大帥來發射導彈摧毀這些坦克
之後進入對面的神殿內部，推開巨石打開通道，來到第二個炮塔的區域
瞄準炮塔之時不能距離過遠，如下圖，否則無法召喚猛大帥摧毀
消滅第二個炮塔之後，從旁邊的高台階梯一路向上即可通往最後一個炮塔的路途
但是沒有想到的是，在摧毀最後一個炮塔之時，猛大帥此時卻突然倒下。而此時的方舟在霸天虎的圍攻之下護盾已經徹底失效，接近被摧毀的邊緣，情急之下，擎天柱決定一人衝向炮塔
但是剛進入炮塔就中了紅蜘蛛的詭計。而擎天柱則被抓到得意洋洋的威震天目前，靜待處置。恰巧，此時猛大帥居然又復活了，他打破最後一個炮塔的窗户，再次將威震天砸成了肉泥
而剩餘的一幫嘍嘍見此趕緊嚇得四處逃竄，霸天虎也全面潰退。方舟之戰就這樣戲劇性的暫時結束
第四幕
現在我們將視角切回到另一個故事體系。飛過山和爵士這兩對活寶正在擎天柱的祕密指派之下，前往探索一個古老神廟的祕密以及霸天虎在裏面的機密行動。
從本關開始，遊戲的難度將逐步加大。由於飛過山和爵士這兩人的能力遠遠遜色於擎天柱這樣的一流角色，而且本關卡的敵人大多相當強悍，故玩家要學會多利用技能和地形來對付強大的對手
首先在本章節我們操作的是爵士。爵士的特點就是可以隱形，但是隱形狀態下會被反隱形部隊的掃描光線發現。而且一旦被反隱身激光照射之後，爵士將在一段時間內無法恢復或者使用隱形技能
不過由於爵士變身之後的體型極小，故可以躲避到一些比較小的管道並且敵人無法攻擊進入，從而獲得暫時的安全。但是在進入管道狀態下，爵士是無法使用任何技能的
下圖所示的就是本場景的管道設定，這個很重要。往往玩家需要這個暫時躲避敵人的進攻。
另一點要説明的是，本關卡大部分場景無須要消滅所有敵人才可推進劇情。故玩家在某些場景之下可以一路衝過去避免不必要的戰鬥
先是來到墓地入口的平台，消滅所有的敵人之後打開開關，坐着吊索來到對面的平台
在吊索不要戀戰要迅速離開，爵士是在太過於脆弱不能有效對抗為數眾多敵人的衝擊
下面就是要面對我們的新類型怪物，也是四五兩章最難纏的傢伙，反隱形機甲。這種怪物在發現你之後將自動縮回頭部保護自己，並且向玩家衝擊發射火焰彈。對付該怪物的唯一辦法就是在他進入警戒掃描模式之後，饒到他的背後攻擊她露出的頭部，而在他發現玩家的攻擊狀態下，基本上對他的身體射擊是無法造成有效傷害的
之後來到神廟中心發現太陽系的相關資料之後，一路返回墓地入口同擎天柱彙報詳細情況。原來霸天虎在這個神蹟發現了資源豐富的太陽系中地球的相關資料，準備集中力量去殖民這個新世界。在擎天柱指示之下，兩人決定去探查神蹟下層發掘最後的真相。後面的路途玩家可以一路沿着管道衝過去，不過還是要注意反隱形機甲的掃描，千萬不可被照到，否則會陷入敵人的火力包圍攻擊之中
之後就是最後一個任務了，同飛過天一起啟動推動炸藥並且保護她不被敵人擊毀。這個戰鬥難度較大，不過由於敵人會優先攻擊炸藥車，因而你可趁此幹掉成羣出現的敵人。戰鬥必須的補給你可以從殺死的敵人那裏獲得。兩人的努力之下，炸開了霸天虎在神殿之下的祕密研究入口
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